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Crystal Structure of cyclophilin B, from Brugia malayi (K5H/S166A mutant)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

Brugia malayi

UniProt A0A0J9XUF2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–171 突变:K5H, S166A SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;Index A5: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5. BrmaA.01375.b.B1.PS01744 at 31 mg/mL. plate 14177 A4 drop 2, Puck: BNL-OEP 001-008, Cryo: 80% crystallant + 20% PEG 200 分辨率 1.25 Å R-free 0.135

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0J9XUF2_BRUMA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–179; UniProt 1–171

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 10af

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 10af
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id10af
沉积日期 deposition_date2026-01-08
最后修订 last_revision2026-01-21
结构标题 titleCrystal Structure of cyclophilin B, from Brugia malayi (K5H/S166A mutant)
关键词 keywordsSSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, cyclophilin B, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.58
零角强度 I(0) i07484530.00
分子量 molecular_weight18745.0 kDa
排除体积 excluded_volume22924 ų
包络体积 envelope_volume25350 ų
水化壳体积 shell_volume14361 ų
包络直径 envelope_diameter46.6
壳层 Rg shell_rg20.86
包络 Rg envelope_rg14.86
形状 Rg shape_rg14.51
总 Rg total_rg15.85
总原子数 total_atoms1306
残基数 n_residues170
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.7
Rg (实空间) rg_real15.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.18
I(0) (实空间) i0_real7.4850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7485000.0000
解质量估计 total_estimate0.7417
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.1
偏度 Skewness skewness0.027
峰度 Kurtosis kurtosis-0.482
角度范围 angular_range— – 0.4950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1530000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.302; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.972

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)