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10nm

CRYO-EM STRUCTURE OF THE A149T DIMER VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 93.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase

Glycine max

UniProt K4FZF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–471 链 B； UniProt 1–471 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；50mM HEPES, 150mM NaCl, 0.5mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.92 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10NM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6UXH Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP 提交 2019-11-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.175 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 19.5% (w/v) PEG MME 2000
分辨率 1.86 Å R-free 0.231
6UXI Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP-Glycine 提交 2019-11-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
未记录 PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.19 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 21% (w/v) PEG MME 2000, 20 mM glycine
分辨率 2.10 Å R-free 0.223
6UXJ Structure of serine hydroxymethyltransferase 8 from Glycine max cultivar Essex complexed with PLP-glycine and 5-formyltetrahydrofolate 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
链 C 1–471（471 aa）
链 D 1–471（471 aa）
未记录 PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 FFO N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.24 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris (pH 8.5), 20% (w/v) PEG MME 2000, 10 mM 5-formyl tetrahydrofolate, 20 mM glycine
分辨率 1.40 Å R-free 0.194
9Y6B CRYSTAL STRUCTURE OF A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP-GLYCINE 提交 2025-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
链 C 1–471（471 aa）
链 D 1–471（471 aa）
突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T 突变：A149T PLG N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium phosphate dibasic 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.90 Å R-free 0.319
9YBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–471（471 aa）
链 B 1–471（471 aa）
链 C 1–471（471 aa）
链 D 1–471（471 aa）
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.28 Å R-free 0.313
9YBZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE A149T VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP 提交 2025-09-17 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–471（471 aa）
链 F 1–471（471 aa）
突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：A149T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.28 Å R-free 0.313

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K4FZF8_SOYBN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471 作者链 B； PDB构建体 26–496； UniProt 1–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 10nm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 10nm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id10nm
沉积日期 deposition_date2026-01-28
结构标题 titleCRYO-EM STRUCTURE OF THE A149T DIMER VARIANT OF SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 8 FROM SOYBEAN CULTIVAR ESSEX IN COMPLEX WITH PLP
关键词 keywordsenzyme, missense variant, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.53 Å
零角强度 I(0) i0132826000.00
分子量 molecular_weight91242.0 kDa
排除体积 excluded_volume114100 ų
包络体积 envelope_volume143560 ų
水化壳体积 shell_volume41022 ų
包络直径 envelope_diameter98.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.84 Å
包络 Rg envelope_rg28.48 Å
形状 Rg shape_rg28.54 Å
总 Rg total_rg29.27 Å
总原子数 total_atoms6440
残基数 n_residues895
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.7 Å
Rg (实空间) rg_real29.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal132800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8977
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.7 Å
偏度 Skewness skewness0.263
峰度 Kurtosis kurtosis-0.418
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha58630000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.957
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)