SAXSdb — 10oz

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 2 （P04972） 5-{2-ETHOXY-5-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-1-METHYL-3-PROPYL-1H,6H,7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 2 CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE6C_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440 作者链 B； PDB构建体 1–440； UniProt 1–440

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

Bos taurus

UniProt Q28156

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ; × 2 （P04972） 5-{2-ETHOXY-5-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-1-METHYL-3-PROPYL-1H,6H,7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 2 CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE5A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 441–800； UniProt 506–865 作者链 B； PDB构建体 441–800； UniProt 506–865

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

Bos taurus

UniProt P04972

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 4	;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ; × 2 （P16586,Q28156） 5-{2-ETHOXY-5-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-1-METHYL-3-PROPYL-1H,6H,7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE × 2 CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNRG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 21–107； UniProt 1–87 作者链 D； PDB构建体 21–107； UniProt 1–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10oz
沉积日期 deposition_date	2026-01-30
结构标题 title	Structure of PDE5 PDE6 chimera
关键词 keywords	Phosphodiesterase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

10oz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

10oz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

10oz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.74 Å
Rg（电子密度）	44.58 Å
总 Rg	44.70 Å
原子数	12147
残基数	1493
排除体积	217500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`10oz__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;
分子量 formula_weight	91715.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12147

MGEISQETVEKYLEANPQFAKEYFNRKLQVEVPSGGAQAPASASFPGRTLAEEAALYLELLEVLLEEAGSVELAAHRALQRLAQLLQADRCSMFLCRARNGTPEVASKLLDVTPTSKFEDNLVVPDREAVFPLDVGIVGWVAHTKKTFNVPDVKKNSHFSDFMDKQTGYVTRNLLATPIVMGKEVLAVFMAVNKVDASEFSKQDEEVFSKYLSFVSIILKLHHTNYLYNIESRRSQILMWSANKVFEELTDVERQFHKALYTVRTYLNCERYSIGLLDMTKEKEFYDEWPVKLGEVEPYKGPKTPDGREVIFYKIIDYILHGKEEIKVIPTPPMDHWTLISGLPTYVAENGFICNMLNAPADEYFTFQKGPVDETGWVIKNVLSLPIVNKKEDIVGVATFYNRKDGKPFDEYDEHIAETLTQFLGWSLLNTDTYEKMNKLMAKQMVTLEVLSYHASAAEEETRELQSLAAAVVPSAQTLKITDFSFSDFELSDLETALCTIRMFTDLNLVQNFQMKHEVLCKWILSVKKNYRKNVAYHNWRHAFNTAQCMFAALKAGKIQKRLTDLEILALLIAALSHDLDHRGVNNSYIQRSEHPLAQLYCHSIMEHHHFDQCLMILNSPGNQILSGLSIEEYKTTLKIIKQAILATDLALYIKRRGEFFELIMKNQFNLEDPHQKELFLAMLMTACDLSAITKPWPIQQRIAELVATEFFDQGDRERKELNIEPADLMNREKKNKIPSMQVGFIDAICLQLYEALTHVSEDCFPLLDGCRKNRQKWQALAEQQEKTLINGESSQTKRN

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;
分子量 formula_weight	11855.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMNLEPPKAEIRSATRVMGGPVTPRKGPPKFKQRQTRQFKSKPPKKGVQGFGDDIPGMEGLGTDITVICPWEAFNHLELHELAQYGII

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-{2-ETHOXY-5-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)SULFONYL]PHENYL}-1-METHYL-3-PROPYL-1H,6H,7H-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDIN-7-ONE
分子量 formula_weight	474.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	345.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	158600

Structure of PDE5 PDE6 chimera

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

10oz__assembly_1__model_1

10oz__assembly_1__model_1 | I(q)

10oz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)

Structure of PDE5 PDE6 chimera

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase PDE5-PDE6 chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit gamma ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

10oz__assembly_1__model_1

10oz__assembly_1__model_1 | I(q)

10oz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)