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10qg

Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) bound to Neu5Ac2en (DANA)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

exo-alpha-sialidase

Treponema denticola

UniProt Q73QH2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–543 未记录 DAN 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CD CADMIUM ION × 23 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；296 K；100 mM HEPES, pH 7.8, 20 mM Cadmium chloride, 25% PEG400, soak in mother liquor with 25 mM DANA for 20 min 分辨率 1.55 Å R-free 0.153

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 10QG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10QF Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) 提交 2026-02-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–543（519 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 14 NA SODIUM ION × 2 B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CIT CITRIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；296 K；25 mM Citric acid, 75 mM Bis-tris propane, pH 7.4, 20 mM Cadmium chloride, 25% PEG400, seeded
分辨率 1.63 Å R-free 0.187
10QH Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) Bound to Neu5Ac (NANA) 提交 2026-02-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–543（519 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CD CADMIUM ION × 17 SLB N-acetyl-beta-neuraminic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；296 K；100 mM Tris, pH 8.2, 20 mM Cadmium chloride, 25% PEG400, soak in mother liquor with 15 mM Neu5Ac
分辨率 1.56 Å R-free 0.158
10QI Crystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) D165A mutant bound to 3'-sialyllactose (only Neu5Ac visible) 提交 2026-02-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–543（519 aa）
突变：D165A SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CD CADMIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM Bis-tris, pH 6.5, 20 mM Cadmium chliride, 23% PEG400, 5 mM 3'-sialyllactose
分辨率 1.81 Å R-free 0.190

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q73QH2_TREDE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 13–531； UniProt 25–543

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 10qg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 10qg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id10qg
沉积日期 deposition_date2026-02-01
最后修订 last_revision2026-02-25
结构标题 titleCrystal Structure of Treponema denticola Sialidase (TDE_0471) bound to Neu5Ac2en (DANA)
关键词 keywordssialidase, neuraminidase, virulence factor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.84 Å
零角强度 I(0) i065621700.00
分子量 molecular_weight58991.0 kDa
排除体积 excluded_volume71092 ų
包络体积 envelope_volume81210 ų
水化壳体积 shell_volume28731 ų
包络直径 envelope_diameter93.1 Å
壳层 Rg shell_rg30.82 Å
包络 Rg envelope_rg24.25 Å
形状 Rg shape_rg23.72 Å
总 Rg total_rg24.86 Å
总原子数 total_atoms4015
残基数 n_residues500
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7 Å
Rg (实空间) rg_real24.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real6.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal65620000.0000
解质量估计 total_estimate0.8252
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.3 Å
偏度 Skewness skewness0.488
峰度 Kurtosis kurtosis0.133
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12850000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)