SAXSdb — 11bc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleosome assembly protein 1-like 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–391 链 B； UniProt 1–391	未记录	Protein Rev × 4 （Q76PP8）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 11BC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11BD human nucleosome assembly protein 1 (human Nap1) 提交 2026-02-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–349（294 aa）链 B 56–349（294 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；26% PEG 400, 0.1 M sodium citrate, pH 4.5, 0.1 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium chloride, 2% 1,4-dioxane	分辨率 3.20 Å R-free 0.267
7UN3 Complex of UBE2O with NAP1L1 and ubiquitylated uL2 提交 2022-04-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–391（390 aa）链 C 2–391（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7UN6 Complex of UBE2O with NAP1L1 提交 2022-04-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–391（390 aa）链 C 2–391（390 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NP1L1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–391； UniProt 1–391 作者链 B； PDB构建体 1–391； UniProt 1–391

Protein Rev

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q76PP8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–116 链 D； UniProt 1–116 链 E； UniProt 1–116 链 F； UniProt 1–116	未记录	Nucleosome assembly protein 1-like 1 × 2 （P55209）	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 11BC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11BE HIV-1 Rev Filament 提交 2026-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 155 PDB 声明：155-meric	链 A1 1–116（116 aa）链 A4 1–116（116 aa）链 A5 1–116（116 aa）链 A9 1–116（116 aa）链 B1 1–116（116 aa）链 B4 1–116（116 aa）链 B5 1–116（116 aa）链 B9 1–116（116 aa）链 C1 1–116（116 aa）链 C5 1–116（116 aa）链 C6 1–116（116 aa）链 C9 1–116（116 aa）链 D1 1–116（116 aa）链 D5 1–116（116 aa）链 D6 1–116（116 aa）链 D9 1–116（116 aa）链 E1 1–116（116 aa）链 E5 1–116（116 aa）链 E6 1–116（116 aa）链 E9 1–116（116 aa）链 F1 1–116（116 aa）链 F5 1–116（116 aa）链 F6 1–116（116 aa）链 F9 1–116（116 aa）链 G1 1–116（116 aa）链 G5 1–116（116 aa）链 G6 1–116（116 aa）链 G9 1–116（116 aa）链 H1 1–116（116 aa）链 H5 1–116（116 aa）链 H6 1–116（116 aa）链 H9 1–116（116 aa）链 I1 1–116（116 aa）链 I4 1–116（116 aa）链 I9 1–116（116 aa）链 J1 1–116（116 aa）链 J4 1–116（116 aa）链 J9 1–116（116 aa）链 K1 1–116（116 aa）链 K4 1–116（116 aa）链 K9 1–116（116 aa）链 L1 1–116（116 aa）链 L4 1–116（116 aa）链 L9 1–116（116 aa）链 M1 1–116（116 aa）链 M4 1–116（116 aa）链 M5 1–116（116 aa）链 M9 1–116（116 aa）链 N1 1–116（116 aa）链 N4 1–116（116 aa）链 N5 1–116（116 aa）链 N9 1–116（116 aa）链 O1 1–116（116 aa）链 O4 1–116（116 aa）链 O5 1–116（116 aa）链 O9 1–116（116 aa）链 P1 1–116（116 aa）链 P5 1–116（116 aa）链 P9 1–116（116 aa）链 R1 1–116（116 aa）链 R4 1–116（116 aa）链 R9 1–116（116 aa）链 S1 1–116（116 aa）链 S4 1–116（116 aa）链 S9 1–116（116 aa）链 T1 1–116（116 aa）链 T4 1–116（116 aa）链 T5 1–116（116 aa）链 T9 1–116（116 aa）链 U1 1–116（116 aa）链 U4 1–116（116 aa）链 U5 1–116（116 aa）链 U9 1–116（116 aa）链 V1 1–116（116 aa）链 V5 1–116（116 aa）链 V6 1–116（116 aa）链 V9 1–116（116 aa）链 W1 1–116（116 aa）链 W5 1–116（116 aa）链 W6 1–116（116 aa）链 W9 1–116（116 aa）链 X1 1–116（116 aa）链 X5 1–116（116 aa）链 X6 1–116（116 aa）链 X9 1–116（116 aa）链 Y1 1–116（116 aa）链 Y5 1–116（116 aa）链 Y6 1–116（116 aa）链 Y9 1–116（116 aa）链 a3 1–116（116 aa）链 a7 1–116（116 aa）链 a8 1–116（116 aa）链 b3 1–116（116 aa）链 b7 1–116（116 aa）链 b8 1–116（116 aa）链 c2 1–116（116 aa）链 c7 1–116（116 aa）链 c8 1–116（116 aa）链 d2 1–116（116 aa）链 d7 1–116（116 aa）链 d8 1–116（116 aa）链 e2 1–116（116 aa）链 e7 1–116（116 aa）链 e8 1–116（116 aa）链 f2 1–116（116 aa）链 f7 1–116（116 aa）链 f8 1–116（116 aa）链 g2 1–116（116 aa）链 g7 1–116（116 aa）链 g8 1–116（116 aa）链 h2 1–116（116 aa）链 h7 1–116（116 aa）链 h8 1–116（116 aa）链 i3 1–116（116 aa）链 i7 1–116（116 aa）链 j3 1–116（116 aa）链 j7 1–116（116 aa）链 k3 1–116（116 aa）链 k7 1–116（116 aa）链 l3 1–116（116 aa）链 l7 1–116（116 aa）链 m3 1–116（116 aa）链 m7 1–116（116 aa）链 m8 1–116（116 aa）链 n3 1–116（116 aa）链 n7 1–116（116 aa）链 n8 1–116（116 aa）链 o3 1–116（116 aa）链 o7 1–116（116 aa）链 o8 1–116（116 aa）链 p3 1–116（116 aa）链 p7 1–116（116 aa）链 p8 1–116（116 aa）链 r3 1–116（116 aa）链 r7 1–116（116 aa）链 s3 1–116（116 aa）链 s7 1–116（116 aa）链 t3 1–116（116 aa）链 t7 1–116（116 aa）链 t8 1–116（116 aa）链 u3 1–116（116 aa）链 u7 1–116（116 aa）链 u8 1–116（116 aa）链 v2 1–116（116 aa）链 v7 1–116（116 aa）链 v8 1–116（116 aa）链 w2 1–116（116 aa）链 w7 1–116（116 aa）链 w8 1–116（116 aa）链 x2 1–116（116 aa）链 x7 1–116（116 aa）链 x8 1–116（116 aa）链 y2 1–116（116 aa）链 y7 1–116（116 aa）链 y8 1–116（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.30 Å
5DHV HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 1–65（65 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5.	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5DHV HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–65（65 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5.	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5DHY HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
5DHY HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
5DHZ HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 4.30 Å R-free 0.324
6BSY HIV-1 Rev assembly domain (residues 1-69) 提交 2017-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–70（70 aa）片段：assembly domain (UNP residues 1-70) 链 B 1–70（70 aa）片段：assembly domain (UNP residues 1-70)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；283.15 K；0.1 M sodium citrate, 25% MPD	分辨率 2.25 Å R-free 0.260
6CF2 Crystal structure of HIV-1 Rev (residues 1-93)-RNA aptamer complex 提交 2018-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–93（93 aa）片段：UNP residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1 M Tris, pH 8.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.241

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76PP8_HV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116 作者链 D； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116 作者链 E； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116 作者链 F； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	11bc
沉积日期 deposition_date	2026-02-15
结构标题 title	Human Nap1 in complex with HIV-1 Rev
关键词 keywords	histone chaperone, H2A-H2B, Nap1, HIV-1 Rev, Nucleosome assembly protein 1, Nucleosome assembly protein like 1, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.13 Å
零角强度 I(0) i0	154364000.00
分子量 molecular_weight	96210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119850 Å³
包络体积 envelope_volume	173640 Å³
水化壳体积 shell_volume	46727 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.26 Å
包络 Rg envelope_rg	30.14 Å
形状 Rg shape_rg	30.11 Å
总 Rg total_rg	31.00 Å
总原子数 total_atoms	6793
残基数 n_residues	826
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	154400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8775
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.220
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.262
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	38630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleosome assembly protein 1-like 1
分子量 formula_weight	45430.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6793

MADIDNKEQSELDQDLDDVEEVEEEETGEETKLKARQLTVQMMQNPQILAALQERLDGLVETPTGYIESLPRVVKRRVNALKNLQVKCAQIEAKFYEEVHDLERKYAVLYQPLFDKRFEIINAIYEPTEEECEWKPDEEDEISEELKEKAKIEDEKKDEEKEDPKGIPEFWLTVFKNVDLLSDMVQEHDEPILKHLKDIKVKFSDAGQPMSFVLEFHFEPNEYFTNEVLTKTYRMRSEPDDSDPFSFDGPEIMGCTGCQIDWKKGKNVTLKTIKKKQKHKGRGTVRTVTKTVSNDSFFNFFAPPEVPESGDLDDDAEAILAADFEIGHFLRERIIPRSVLYFTGEAIEDDDDDYDEEGEEADEEGEEEGDEENDPDYDPKKDQNPAECKQQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein Rev
分子量 formula_weight	13142.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,F,E

MAGRSGDSDEDLLKTVRLIKFLYQSNPPPNPEGTRQARRNRRRRWRERRRQIHSISRRILSTYLGRSAEPVPLQLPPLERLTLDCNEDCGTSGTQGVGSPQILVESPTVLESGAKE

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	275000

fit	/app/data/saxs_computation/1b/11bc/11bc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1b/11bc/11bc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1b/11bc/11bc.dat

Human Nap1 in complex with HIV-1 Rev

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleosome assembly protein 1-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein Rev

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)