SAXSdb — 11ef

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-erythrulose-1-phosphate isomerase

Brucella abortus 2308

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–256 链 B； UniProt 3–256	突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；JCSG+ D12: 40 mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20694 D12 drop 1, Puck: PSL-1811, Cryo: JCSG+ D12.	分辨率 2.15 Å R-free 0.218
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 3–256 链 D； UniProt 3–256	突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；JCSG+ D12: 40 mM potassium phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20694 D12 drop 1, Puck: PSL-1811, Cryo: JCSG+ D12.	分辨率 2.15 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 11EF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11EG Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P1 form) 提交 2026-02-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–256（254 aa）链 B 3–256（254 aa）	突变：A173D 突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Berkeley B2: 100 mM HEPES, pH 7.5, 400 mM NaCl, 30% PEG 3350. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20692 B2 drop 1, Puck: PSL-2008, Cryo: Berkeley B2.	分辨率 1.60 Å R-free 0.183
11EG Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P1 form) 提交 2026-02-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–256（254 aa）链 D 3–256（254 aa）	突变：A173D 突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Berkeley B2: 100 mM HEPES, pH 7.5, 400 mM NaCl, 30% PEG 3350. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. plate 20692 B2 drop 1, Puck: PSL-2008, Cryo: Berkeley B2.	分辨率 1.60 Å R-free 0.183
13GN Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis in complex with SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE 提交 2026-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–256（254 aa）片段：K3-N256 链 D 3–256（254 aa）片段：K3-N256	突变：A173D 突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 3 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；70 mM MES pH 6.5, 70 mM CaCl2, 14% PEG 1500, 8.4% hexanediol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. 20 hour soak in 10 mM glycerol 3-phosphate (D/L mixture), 1GP fit best to the electron density, plate Liu-S-202 E9-F10, Puck: PSL-0208, Cryo: 100 mM MES, pH 6.5, 100 mM CaCl2, 20% PEG 1500, 12% hexanediol	分辨率 1.95 Å R-free 0.216
13GN Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis in complex with SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE 提交 2026-05-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 3–256（254 aa）片段：K3-N256 链 C 3–256（254 aa）片段：K3-N256	突变：A173D 突变：A173D	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；70 mM MES pH 6.5, 70 mM CaCl2, 14% PEG 1500, 8.4% hexanediol. BrabA.00276.a.B2.PW39519 at 15.2 mg/mL. 20 hour soak in 10 mM glycerol 3-phosphate (D/L mixture), 1GP fit best to the electron density, plate Liu-S-202 E9-F10, Puck: PSL-0208, Cryo: 100 mM MES, pH 6.5, 100 mM CaCl2, 20% PEG 1500, 12% hexanediol	分辨率 1.95 Å R-free 0.216

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERYH_BRUA2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–262； UniProt 3–256 作者链 B； PDB构建体 9–262； UniProt 3–256 作者链 C； PDB构建体 9–262； UniProt 3–256 作者链 D； PDB构建体 9–262； UniProt 3–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	11ef
沉积日期 deposition_date	2026-02-18
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, L-erythrulose-1-phosphate isomerase, ISOMERASE ;; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.00 Å
零角强度 I(0) i0	188672000.00
分子量 molecular_weight	108980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135800 Å³
包络体积 envelope_volume	165160 Å³
水化壳体积 shell_volume	40928 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.46 Å
包络 Rg envelope_rg	32.76 Å
形状 Rg shape_rg	33.01 Å
总 Rg total_rg	33.50 Å
总原子数 total_atoms	7652
残基数 n_residues	991
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	188700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9046
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.178
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.669
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	57430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.882

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-erythrulose-1-phosphate isomerase
分子量 formula_weight	28744.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.33
突变 mutation	A173D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8087

MAHHHHHHKFWIGTSWKMNKTLAEARLFAEALKAADAGRSPDIQRFVIPPFTAVREVKEILSGTSVKVGAQNMHWADQGAWTGEISPLMLKDCNLDIVELGHSERREHFGETNETVGLKVEAAVRHGLIPLICIGETLEDRESGRAAAVLEEEVRGALSKLSEAQKQAEILFAYEPVWDIGENGIPASADYADARQAEIIAVAQSVLARRVPCLYGGSVNPGNCEELIACPHIDGLFIGRSAWNVEGYLDILARCATKVQAN

来源 Source

来源生物 organism	Brucella abortus 2308
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	359391
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.668 Å
晶胞边长 b length_b	141.818 Å
晶胞边长 c length_c	94.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	46.610 Å
R 因子 r_factor	0.1813
R_work r_work	0.1794
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/1e/11ef/11ef.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1e/11ef/11ef.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1e/11ef/11ef.dat

Crystal Structure of L-erythrulose-1-phosphate isomerase from Brucella melitensis (P21 form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-erythrulose-1-phosphate isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction