SAXSdb — 11lt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Human enterovirus D68

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP0 × 1 （A0A5B9NIG2） Capsid protein VP3 × 1 （A0A1L7H9D2） 1E11 Fab heavy chain × 1 1E11 Fab light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7G9XUH9_HED68
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–229； UniProt 54–282

Capsid protein VP0

Human enterovirus D68

UniProt A0A5B9NIG2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 （A0A7G9XUH9） Capsid protein VP3 × 1 （A0A1L7H9D2） 1E11 Fab heavy chain × 1 1E11 Fab light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5B9NIG2_HED68
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 98–309

Capsid protein VP3

Human enterovirus D68

UniProt A0A1L7H9D2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Capsid protein VP1 × 1 （A0A7G9XUH9） Capsid protein VP0 × 1 （A0A5B9NIG2） 1E11 Fab heavy chain × 1 1E11 Fab light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1L7H9D2_HED68
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–247； UniProt 318–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	11lt
沉积日期 deposition_date	2026-03-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of EV-D68 B3 VLP bound by neutralizing antibody 1E11
关键词 keywords	EV-D68, B3 subclade, Virus-like particle vaccine, 1E11 neutralizing antibody, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

11lt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

11lt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

11lt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.73 Å
Rg（电子密度）	30.91 Å
总 Rg	31.69 Å
原子数	7004
残基数	895
排除体积	124270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`11lt__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	25735.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7004

VSETLVENFLSRAALVSKRSFEYKDHTSSTAQTDKNFFKWTINTRSFVQLRRKLELFTYLRFDAEITILTTVAVNGSNNNTYVGLPDLTLQAMFVPTGALTPEKQDSFHWQSGSNASVFFKISDPPARMTIPFMCINSAYSVFYDGFAGFEKTGLYGINPADTIGNLCVRIVNEHQPVGFTVTVRVYMKPKHIKAWAPRPPRTLPYMSIANANYKGKERAPNALNAIIG

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP0
分子量 formula_weight	23797.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ANYCCAYGEWPNYLPDHEAVAIDKPTQPETATDRFYTLRSVKWEATSTGWWWKLPDALNNIGMFGQNVQHHYLYRSGFLIHVQCNATKFHQGALLVVAIPEHQRGAHNTTTSPGFDDIMKGEAGGTFNHPYVLDDGTSLACATIFPHQWINLRTNNSATIVLPWMNAAPMDFPLRHNQWTLAIIPVVPLGTRTMSSMVPITVSIAPMCCEFN

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	27170.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GVPTYLLPGSGQFLTTDDHSSAPVLPCFNPTPEMHIPGQVRNMLEVVQVESMMEINNTESAVGMERLKVDISALTDVDQLLFNIPLDIQLDGPLRNTLVGNISRYYTHWSGSLEMTFMFCGSFMATGKLILCYTPPGGSCPTTRETAMLGTHIVWDFGLQSSITLIIPWISGSHYRMFNNDAKSTNANVGYVTCFMQTNLIVPSESSDTCSLIGFIAAKDDFSLRLMRDSPDIGQIDHLHGAEAAYQ

来源 Source

来源生物 organism	Human enterovirus D68
通用名 common_name	EV68, EV-68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	1E11 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13879.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVKLQQWGEGLVKPSETLSLTCAVYGGSIHGYYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYGDNFSTNYNPSLKNRVTISKDTPRNQFSLRLTSVTAADTALYFCAREAGSRNAYNWFDVWGPGVRVAVTS

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	1E11 Fab light chain
分子量 formula_weight	11805.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSALTQPPSVSRSLGQSVTISCTATSSDITFYYGVSWYQHHSGTAPRLLIYEVNERPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGVQADDEADYYCGTYRTGNTWVFGGGTRLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.630 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	724000

Cryo-EM structure of EV-D68 B3 VLP bound by neutralizing antibody 1E11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein VP0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

11lt__assembly_1__model_1

11lt__assembly_1__model_1 | I(q)

11lt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of EV-D68 B3 VLP bound by neutralizing antibody 1E11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

11lt__assembly_1__model_1

11lt__assembly_1__model_1 | I(q)

11lt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)