13fr

Cholesterol complex of the START domain of Caenorhabditis elegans StAR-related lipid transfer protein 3 (STARD3)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

START domain-containing protein

Caenorhabditis elegans

UniProt Q19819

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 221–447 未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 14% w/v PEG 8000 分辨率 2.09 Å R-free 0.243
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 221–447 未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 14% w/v PEG 8000 分辨率 2.09 Å R-free 0.243
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 221–447 未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 14% w/v PEG 8000 分辨率 2.09 Å R-free 0.243
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 221–447 未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 14% w/v PEG 8000 分辨率 2.09 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q19819_CAEEL
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–228; UniProt 221–447 作者链 B; PDB构建体 2–228; UniProt 221–447 作者链 C; PDB构建体 2–228; UniProt 221–447 作者链 D; PDB构建体 2–228; UniProt 221–447

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 13fr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 13fr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id13fr
沉积日期 deposition_date2026-05-04
最后修订 last_revision2026-05-13
结构标题 titleCholesterol complex of the START domain of Caenorhabditis elegans StAR-related lipid transfer protein 3 (STARD3)
关键词 keywordscholesterol, cholesterol traffic, cholesterol metabolism, physical biochemistry, STARD3, START domain, NPC1/NPC2, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.06
零角强度 I(0) i0149970000.00
分子量 molecular_weight99428.0 kDa
排除体积 excluded_volume125200 ų
包络体积 envelope_volume160200 ų
水化壳体积 shell_volume41092 ų
包络直径 envelope_diameter110.1
壳层 Rg shell_rg39.46
包络 Rg envelope_rg31.77
形状 Rg shape_rg32.03
总 Rg total_rg32.77
总原子数 total_atoms7001
残基数 n_residues851
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.3
Rg (实空间) rg_real32.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real1.5000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal150000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9054
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.3
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.593
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51400000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.945

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)