SAXSdb — 19hc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–322 链 B； UniProt 31–322	未记录	ACT ACETATE ION × 5 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；PEG 6000 2-10% (W/V) SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.5 0.25-0.75M	分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 19HC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OFW Three dimensional structure of the oxidized form of nine heme cytochrome c at PH 7.5 提交 2003-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–326（296 aa）	未记录	HEC HEME C × 9 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.207
1OFW Three dimensional structure of the oxidized form of nine heme cytochrome c at PH 7.5 提交 2003-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–326（296 aa）	未记录	HEC HEME C × 9 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.207
1OFY three dimensional structure of the reduced form of nine-heme cytochrome c at ph 7.5 提交 2003-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–326（296 aa）链 B 31–326（296 aa）	未记录	HEC HEME C × 18 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.275

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYC9_DESDE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–292； UniProt 31–322 作者链 B； PDB构建体 1–292； UniProt 31–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	19hc
沉积日期 deposition_date	1998-12-01
结构标题 title	NINE-HAEM CYTOCHROME C FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS ATCC 27774
关键词 keywords	ELECTRON TRANSFER, CYTOCHROME, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.97 Å
零角强度 I(0) i0	92196200.00
分子量 molecular_weight	73859.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91261 Å³
包络体积 envelope_volume	110880 Å³
水化壳体积 shell_volume	33150 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.30 Å
包络 Rg envelope_rg	26.96 Å
形状 Rg shape_rg	26.97 Å
总 Rg total_rg	27.81 Å
总原子数 total_atoms	5136
残基数 n_residues	584
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	92200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9138
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.650
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.983

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)
分子量 formula_weight	31290.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6098

AALEPTDSGAPSAIVMFPVGEKPNPKGAAMKPVVFNHLIHEKKIADCETCHHTGDPVSCSTCHTVEGKAEGDYITLDRAMHATDIAARAKGNTPTSCVSCHQSETKERRECAGCHAITTPKDDEAWCATCHDITPSMTPSEMQKGIAGTLLPGDNEALAAETVLAEATVAPVSPMLAPYKVVIDALADKYEPSDFTHRRHLTSLMESIKDDKLAQAFHDKPEILCATCHHRSPLSLTPPKCGSCHTKEIDAADPGRPNLMAAYHLECMGCHKGMAVARPRDTDCTTCHKAAA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	885

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d19hca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.1 — Cytochrome c3-like

结构域编号 domain_id	d19hcb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.138 — Multiheme cytochromes
超家族 Superfamily superfamily	a.138.1 — Multiheme cytochromes
家族 Family family	a.138.1.1 — Cytochrome c3-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	19hcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	10 — Cytochrome C3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome C3

结构域编号 domain_id	19hcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	10 — Cytochrome C3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome C3

结构域编号 domain_id	19hcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	10 — Cytochrome C3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome C3

结构域编号 domain_id	19hcB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	10 — Cytochrome C3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome C3

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.380 Å
晶胞边长 b length_b	106.070 Å
晶胞边长 c length_c	80.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	24.000 Å
R 因子 r_factor	0.1694
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/9h/19hc/19hc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/9h/19hc/19hc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/9h/19hc/19hc.dat

NINE-HAEM CYTOCHROME C FROM DESULFOVIBRIO DESULFURICANS ATCC 27774

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NINE-HAEM CYTOCHROME C)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction