SAXSdb — 1a0a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 250–312 链 B； UniProt 250–312	片段：DNA BINDING DOMAIN	;DNA (5'-D(CPTPCPAPCPAPCPGPTPGPGPGPAPCPTPAPG )-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPAPGPTPCPCPCPAPCPGPTPGPTPGPAPG )-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 3.6；VAPOR DIFFUSION METHOD: DROP-0.4MM PROTEIN, 0.2MM DNA, 1% PEG6K, 20MM NACITRATE (PH3.6), RESERVOIR-1% PEG6K, 20MM NACITRATE(PH3.6), vapor diffusion	分辨率 2.80 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A0A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3W3X Crystal structure of Kap121p bound to Pho4p 提交 2012-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 140–166（27 aa）片段：UNP residues 140-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.268
9D45 Cryo-EM structure of yeast Exportin Msn5 bound to cargo Pho4 and RanGTP 提交 2024-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–200（200 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHO4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–63； UniProt 250–312 作者链 B； PDB构建体 1–63； UniProt 250–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a0a
沉积日期 deposition_date	1997-11-27
结构标题 title	PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4/DNA COMPLEX
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR, BASIC HELIX LOOP HELIX, COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.58 Å
零角强度 I(0) i0	18199200.00
分子量 molecular_weight	24602.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27466 Å³
包络体积 envelope_volume	35764 Å³
水化壳体积 shell_volume	16227 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.77 Å
包络 Rg envelope_rg	20.00 Å
形状 Rg shape_rg	19.55 Å
总 Rg total_rg	20.24 Å
总原子数 total_atoms	1687
残基数 n_residues	160
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8027
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.360
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2712000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPCPAPCPAPCPGPTPGPGPGPAPCPTPAP*G )-3') ;
分子量 formula_weight	5212.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	1767

CTCACACGTGGGACTAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPAPGPTPCPCPCPAPCPGPTPGPTPGPAP*G )-3') ;
分子量 formula_weight	5203.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTAGTCCCACGTGTGAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)
分子量 formula_weight	7104.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MKRESHKHAEQARRNRLAVALHELASLIPAEWKQQNVSAAPSKATTVEAACRYIRHLQQNGST

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1a0aa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.38 — HLH-like
超家族 Superfamily superfamily	a.38.1 — HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain
家族 Family family	a.38.1.1 — HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1a0ab_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.38 — HLH-like
超家族 Superfamily superfamily	a.38.1 — HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain
家族 Family family	a.38.1.1 — HLH, helix-loop-helix DNA-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a0aA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1a0aB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	280 — MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Helix-loop-helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.510 Å
晶胞边长 b length_b	68.300 Å
晶胞边长 c length_c	108.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/a0/1a0a/1a0a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a0/1a0a/1a0a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a0/1a0a/1a0a.dat

PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)