SAXSdb — 1a0s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUCROSE-SPECIFIC PORIN

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 93–505 链 Q； UniProt 93–505 链 R； UniProt 93–505	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.40 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A0S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A0T SUCROSE-SPECIFIC PORIN, WITH BOUND SUCROSE MOLECULES 提交 1997-12-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 93–505（413 aa）链 Q 93–505（413 aa）链 R 93–505（413 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%. 2M SUCROSE WAS ADDED TO THE DROP FOR COCRYSTALLIZATION., vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
1OH2 Sucrose-Specific Porin, with Bound Sucrose Molecules 提交 2003-05-21	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 93–505（413 aa）链 Q 93–505（413 aa）链 R 93–505（413 aa）	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%. 2M SUCROSE WAS ADDED TO THE DROP FOR COCRYSTALLIZATION.	分辨率 2.40 Å R-free 0.246

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCRY_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505 作者链 Q； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505 作者链 R； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a0s
沉积日期 deposition_date	1997-12-07
结构标题 title	SUCROSE-SPECIFIC PORIN
关键词 keywords	OUTER MEMBRANE PROTEIN, PORIN; OUTER MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.12 Å
零角强度 I(0) i0	309773000.00
分子量 molecular_weight	135960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167590 Å³
包络体积 envelope_volume	212280 Å³
水化壳体积 shell_volume	52673 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.07 Å
包络 Rg envelope_rg	31.50 Å
形状 Rg shape_rg	32.12 Å
总 Rg total_rg	32.81 Å
总原子数 total_atoms	9609
残基数 n_residues	1239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0420e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	309800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8360
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.023
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.651
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SUCROSE-SPECIFIC PORIN
分子量 formula_weight	45333.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q,R
原子数 atom_count	9939

SGFEFHGYARSGVIMNDSGASTKSGAYITPAGETGGAIGRLGNQADTYVEMNLEHKQTLDNGATTRFKVMVADGQTSYNDWTASTSDLNVRQAFVELGNLPTFAGPFKGSTLWAGKRFDRDNFDIHWIDSDVVFLAGTGGGIYDVKWNDGLRSNFSLYGRNFGDIDDSSNSVQNYILTMNHFAGPLQMMVSGLRAKDNDERKDSNGNLAKGDAANTGVHALLGLHNDSFYGLRDGSSKTALLYGHGLGAEVKGIGSDGALRPGADTWRIASYGTTPLSENWSVAPAMLAQRSKDRYADGDSYQWATFNLRLIQAINQNFALAYEGSYQYMDLKPEGYNDRQAVNGSFYKLTFAPTFKVGSIGDFFSRPEIRFYTSWMDWSKKLNNYASDDALGSDGFNSGGEWSFGVQMETWF

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	330

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1a0sp_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1a0sq_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

结构域编号 domain_id	d1a0sr_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.2 — Maltoporin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1a0sP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1a0sQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

结构域编号 domain_id	1a0sR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Porin, LamB type

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	112.100 Å
晶胞边长 b length_b	112.100 Å
晶胞边长 c length_c	147.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/a0/1a0s/1a0s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a0/1a0s/1a0s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a0/1a0s/1a0s.dat

SUCROSE-SPECIFIC PORIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUCROSE-SPECIFIC PORIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)