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1a0t

SUCROSE-SPECIFIC PORIN, WITH BOUND SUCROSE MOLECULES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 93.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUCROSE-SPECIFIC PORIN

Salmonella typhimurium

UniProt P22340

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 3 其他聚合物 6 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 93–505 链 Q； UniProt 93–505 链 R； UniProt 93–505 未记录 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%. 2M SUCROSE WAS ADDED TO THE DROP FOR COCRYSTALLIZATION., vapor diffusion - sitting drop 分辨率 2.40 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1A0T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A0S SUCROSE-SPECIFIC PORIN 提交 1997-12-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 93–505（413 aa）
链 Q 93–505（413 aa）
链 R 93–505（413 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%., vapor diffusion - sitting drop
分辨率 2.40 Å R-free 0.228
1OH2 Sucrose-Specific Porin, with Bound Sucrose Molecules 提交 2003-05-21 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 93–505（413 aa）
链 Q 93–505（413 aa）
链 R 93–505（413 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION USING THE SITTING-DROP METHOD. THE DROP CONTAINED 5-7 MG/ML PROTEIN, 20 MM TRIS/CL AT PH 7.7, 100MM LICL, 20MM MGSO4, 1.2% BETA-D-OCTYLGLUCOPYRANOSIDE AND 6-9% PEG-2000. THE CONCENTRATION OF PEG IN THE RESERVOIR WAS 12-15%. 2M SUCROSE WAS ADDED TO THE DROP FOR COCRYSTALLIZATION.
分辨率 2.40 Å R-free 0.246

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCRY_SALTY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505 作者链 Q； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505 作者链 R； PDB构建体 1–413； UniProt 93–505

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1a0t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1a0t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1a0t
沉积日期 deposition_date1997-12-08
结构标题 titleSUCROSE-SPECIFIC PORIN, WITH BOUND SUCROSE MOLECULES
关键词 keywordsOUTER MEMBRANE PROTEIN, PORIN; OUTER MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.85 Å
零角强度 I(0) i0319302000.00
分子量 molecular_weight138020.0 kDa
排除体积 excluded_volume170080 ų
包络体积 envelope_volume211820 ų
水化壳体积 shell_volume52701 ų
包络直径 envelope_diameter94.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.02 Å
包络 Rg envelope_rg31.41 Å
形状 Rg shape_rg31.86 Å
总 Rg total_rg32.53 Å
总原子数 total_atoms9747
残基数 n_residues1239
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax93.7 Å
Rg (实空间) rg_real32.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal319300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8399
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.2 Å
偏度 Skewness skewness0.031
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36200000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.978; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1a0tp_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.2 — Maltoporin-like
结构域编号 domain_idd1a0tq_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.2 — Maltoporin-like
结构域编号 domain_idd1a0tr_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamilyf.4.3 — Porins
家族 Family familyf.4.3.2 — Maltoporin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1a0tP00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin, LamB type
结构域编号 domain_id1a0tQ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin, LamB type
结构域编号 domain_id1a0tR00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Porin, LamB type
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)