1a2a

AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOLIPASE A2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–122	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–122	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–122	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–122	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A2A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–122（122 aa）链 C 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 E 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1BJJ AGKISTRODOTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–122（122 aa）链 F 1–122（122 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.260

共 1 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA23_AGKHP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 E； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 F； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 G； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a2a
沉积日期 deposition_date	1997-12-25
结构标题 title	AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS
关键词 keywords	PRESYNAPTIC NEUROTOXIN, PHOSPHOLIPASE A2, HYDROLASE, LIPID DEGRADATION; PRESYNAPTIC NEUROTOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.92 Å
零角强度 I(0) i0	224297000.00
分子量 molecular_weight	110960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134250 Å³
包络体积 envelope_volume	174240 Å³
水化壳体积 shell_volume	42146 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.63 Å
包络 Rg envelope_rg	35.43 Å
形状 Rg shape_rg	35.93 Å
总 Rg total_rg	36.15 Å
总原子数 total_atoms	7692
残基数 n_residues	976
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.3 Å
Rg (实空间) rg_real	36.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	224300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8715
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.468
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	17610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.908; Smooth: 0.911

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1a2aa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ab_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ac_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ad_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ae_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2af_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ag_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

结构域编号 domain_id	d1a2ah_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.2 — Vertebrate phospholipase A2

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1a2aA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

结构域编号 domain_id	1a2aH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	108.950 Å
晶胞边长 b length_b	85.227 Å
晶胞边长 c length_c	71.054 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2850

描述 description	PHOSPHOLIPASE A2
分子量 formula_weight	13870.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7692

AGKISTROTOXIN, A PHOSPHOLIPASE A2-TYPE PRESYNAPTIC NEUROTOXIN FROM AGKISTRODON HALYS PALLAS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOLIPASE A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

fit	/app/data/saxs_computation/a2/1a2a/1a2a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a2/1a2a/1a2a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a2/1a2a/1a2a.dat