SAXSdb — 1a33

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE

Brugia malayi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–177	片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；THE INITIAL 6 UL DROP CONSISTED OF 50 MM MES-NAOH PH 6.0, 0.9 M (NH4)2SO4, 1MM PROTEIN. THE 1 ML RESERVOIR SOLUTION CONSISTED OF 100 MM MES-NAOH PH 6.0, 1.8 M (NH4)2SO4	分辨率 2.15 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A33	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A58 CYCLOPHILIN FROM BRUGIA MALAYI 提交 1998-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM IMIDAZOLE AT PH6.5, 15% SAT. AMMONIUM SULFATE 0.02% SODIUM AZIDE, 0.56 MM PROTEIN CONC.	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
1C5F CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI COMPLEXED WITH CYCLOSPORIN A 提交 1999-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 1–177（177 aa）片段：CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-177	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PEG 8000, CALCIUM ACETATE, METHANOL, MES, PH 6.00	分辨率 2.47 Å R-free 0.249

共 2 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYP1_BRUMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a33
沉积日期 deposition_date	1998-01-27
结构标题 title	PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE, CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI
关键词 keywords	ISOMERASE, PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS, PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.68 Å
零角强度 I(0) i0	6928970.00
分子量 molecular_weight	19075.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23822 Å³
包络体积 envelope_volume	25592 Å³
水化壳体积 shell_volume	14461 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.1 Å
壳层 Rg shell_rg	20.88 Å
包络 Rg envelope_rg	14.90 Å
形状 Rg shape_rg	14.65 Å
总 Rg total_rg	15.84 Å
总原子数 total_atoms	1338
残基数 n_residues	174
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9290e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6929000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8880
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1574000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.993

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1a33a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1a33A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	57.900 Å
晶胞边长 b length_b	57.900 Å
晶胞边长 c length_c	140.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2110

描述 description	PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE
分子量 formula_weight	19504.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1572

PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE, CYCLOPHILIN-LIKE DOMAIN FROM BRUGIA MALAYI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDYLPROLYL ISOMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Brugia malayi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6279
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

fit	/app/data/saxs_computation/a3/1a33/1a33.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a3/1a33/1a33.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a3/1a33/1a33.dat