1a3s

HUMAN UBC9

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBC9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.	分辨率 2.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A3S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KPS Structural Basis for E2-mediated SUMO conjugation revealed by a complex between ubiquitin conjugating enzyme Ubc9 and RanGAP1 提交 2002-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0M ammonium phosphate, 0.1M hepes, 10mM CuCl2, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
1KPS Structural Basis for E2-mediated SUMO conjugation revealed by a complex between ubiquitin conjugating enzyme Ubc9 and RanGAP1 提交 2002-01-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–158（158 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0M ammonium phosphate, 0.1M hepes, 10mM CuCl2, 5% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.300
1Z5S Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2 提交 2005-03-19	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG4000 (w/v), 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.01 Å R-free 0.290
2GRN Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9 提交 2006-04-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
2GRO Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-N85Q 提交 2006-04-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：N85Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
2GRP Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-Y87A 提交 2006-04-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：Y87A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
2GRQ Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127A 提交 2006-04-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：D127A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
2GRR Crystal Structure of human RanGAP1-Ubc9-D127S 提交 2006-04-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	突变：D127S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；1M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 50mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.30 Å R-free 0.222
2O25 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 kDa Complexed With SUMO-1-Conjugating Enzyme UBC9 提交 2006-11-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein complex (1:1) was dissolved at 26 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 5% glycerol, 2 mM DTT. Hanging drops (2 microL + 2 microL), room temperature, well solution: 16% PEG MME 5000, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.291
2O25 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 kDa Complexed With SUMO-1-Conjugating Enzyme UBC9 提交 2006-11-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein complex (1:1) was dissolved at 26 mg/ml in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 5% glycerol, 2 mM DTT. Hanging drops (2 microL + 2 microL), room temperature, well solution: 16% PEG MME 5000, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.291
2PE6 Non-covalent complex between human SUMO-1 and human Ubc9 提交 2007-04-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 8.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
2PX9 The intrinsic affinity between E2 and the Cys domain of E1 in Ubiquitin-like modifications 提交 2007-05-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM Phosphate；压力 1 NMR样品组成 0.15-0.6mM E1 Cys domain, 0.15-0.7mM Ubc9, 50mM Phosphate buffer \| 50mM Phosphate buffer	分辨率未提供
2XWU CRYSTAL STRUCTURE OF IMPORTIN 13 - UBC9 COMPLEX 提交 2010-11-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50 MM MES PH 6.5 25% PEG 300	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
3A4S The crystal structure of the SLD2:Ubc9 complex 提交 2009-07-14	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；25% polyethylene glycol 1500, 0.1M SPG buffer : SPG buffer was prepared by mixing succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in the molar ratios 2:7:7, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
3A4S The crystal structure of the SLD2:Ubc9 complex 提交 2009-07-14	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；25% polyethylene glycol 1500, 0.1M SPG buffer : SPG buffer was prepared by mixing succinic acid, sodium dihydrogen phosphate, and glycine in the molar ratios 2:7:7, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–158（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
3UIP Complex between human RanGAP1-SUMO1, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–158（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；22% PEG4000, 100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.29 Å R-free 0.232
4W5V Crystal structure of Human SUMO E2-conjugating enzyme (Ubc9) in complex with E1-activating enzyme (Uba2) ubiquitin fold domain (Ufd) 提交 2014-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris, pH 8.0, 20% PEG MME 550, 200 mM potassium formate, 20% glycerol; seeded	分辨率 2.50 Å R-free 0.283
4Y1L Ubc9 Homodimer The Missing Link in Poly-SUMO Chain Formation 提交 2015-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% (w/v) PEG8000, 100 mM HEPES, pH 8.0, 8% ethylene glycol	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–158（158 aa）	突变：K14R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–158（158 aa）	突变：K14R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5F6D Crystal structure of Ubc9 (K48A/K49A/E54A) complexed with Fragment 6 提交 2015-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	5VJ 6~{H}-benzo[c][1,2]benzothiazine 5,5-dioxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.55 Å R-free 0.196
5F6E Crystal Structure of human Ubc9 (K48A/K49A/E54A) 提交 2015-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol	分辨率 1.12 Å R-free 0.170
5F6U Crystal Structure of Ubc9 (K48A/K49A/E54A) complexed with Fragment 8 (JSS190B146) 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,K54A	5VK ethyl 3-[4-(2-hydroxyphenyl)-3-oxidanyl-phenyl]propanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
5F6V Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 1 (biphenol from fragment cocktail screen) 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	5VL 2-(2-hydroxyphenyl)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.49 Å R-free 0.184
5F6W Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 1 (biphenol) 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	5VL 2-(2-hydroxyphenyl)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
5F6X Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 2 (mercaptobenzoxazole from cocktail screen) 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	5VM 5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.56 Å R-free 0.193
5F6Y Crystal structure of Ubc9 (K48/K49A/E54A) complexed with Fragment 2 (mercaptobenzoxazole) 提交 2015-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A,K49A,E54A	5VM 5-chloranyl-3~{H}-1,3-benzoxazole-2-thione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.1M Tris pH 8.5, 8% (w/v) polyethylene glycol 8000	分辨率 1.14 Å R-free 0.178
5FQ2 Crystal structure of human SUMO E1 UFD domain in complex with Ubc9 in a P422 space group. 提交 2015-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–158（158 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K48A, K49A, E54A, C138A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–158（157 aa）	突变：K48A, K49A, E54A, C138A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–158（157 aa）	突变：K48A, K49A, E54A, C138A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
6SYF Human Ubc9 with covalent isopeptide ligand 提交 2019-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 2–158（157 aa）	突变：K48A, K49A, E54A, C138A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；0.1 M trisodium citrate pH 5.0, 30% PEG8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
8ODR Mimetic of UBC9-SUMO1 提交 2023-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–158（157 aa）	突变：K14R, A129K	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；LiSO4, Tris pH8.5, PEG 4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.258
9B62 Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) - composite map and model 提交 2024-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–158（158 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 2.90 Å
9DQB Cryo-EM structure of a double-loaded SUMO E1-E2-SUMO1 complex. 提交 2024-09-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–158（158 aa）	突变：F22A,G23Q,V25S,A129K,C138S,K153R	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9DRJ Cryo-EM structure of a SUMO E1-E2-SUMO1 complex. 提交 2024-09-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–158（158 aa）	突变：C138S	ZN ZINC ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9GLR Crystal Structure of Human UBC9 C93E 提交 2024-08-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–158（158 aa）	突变：C93E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；2% tacsimate, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate, 16% PEG 3350	分辨率 1.72 Å R-free 0.227

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2I_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–160； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a3s
沉积日期 deposition_date	1998-01-23
结构标题 title	HUMAN UBC9
关键词 keywords	SUMO CONJUGATING ENZYME, UBIQUITIN CONJUGATING ENZYME; SUMO CONJUGATING ENZYME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.28 Å
零角强度 I(0) i0	5914510.00
分子量 molecular_weight	18011.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22719 Å³
包络体积 envelope_volume	26075 Å³
水化壳体积 shell_volume	13962 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.68 Å
包络 Rg envelope_rg	16.53 Å
形状 Rg shape_rg	16.23 Å
总 Rg total_rg	17.39 Å
总原子数 total_atoms	1268
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.3 Å
Rg (实空间) rg_real	17.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5915000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8174
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.331
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	878900.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1a3sa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1a3sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	73.900 Å
晶胞边长 b length_b	73.900 Å
晶胞边长 c length_c	42.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2600

描述 description	UBC9
分子量 formula_weight	18174.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1268

HUMAN UBC9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBC9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/a3/1a3s/1a3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a3/1a3s/1a3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a3/1a3s/1a3s.dat