SAXSdb — 1a5d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAMMAE CRYSTALLIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–173	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.30 Å
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–173	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A5D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZGT Structure of hydrogenated rat gamma E crystallin in H2O 提交 2005-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–173（173 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, magnesium Actetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.254
1ZIE Hydrogenated gammaE crystallin in D2O solvent 提交 2005-04-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–173（173 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, Magnesium Acetate, D2O, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.44 Å R-free 0.220
1ZIQ Deuterated gammaE crystallin in D2O solvent 提交 2005-04-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–173（173 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG 3350, Magnesium Acetate, D2O, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.225
1ZIR Deuterated gammaE crystallin in H2O solvent 提交 2005-04-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–173（173 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；293 K；PEG 3350, Magnesium acetate, H2O, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.36 Å R-free 0.211

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRGE_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173 作者链 B； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a5d
沉积日期 deposition_date	1998-02-12
结构标题 title	GAMMAE CRYSTALLIN FROM RAT LENS
关键词 keywords	EYE LENS PROTEIN; EYE LENS PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.09 Å
零角强度 I(0) i0	31814700.00
分子量 molecular_weight	42161.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51485 Å³
包络体积 envelope_volume	65777 Å³
水化壳体积 shell_volume	18618 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.33 Å
包络 Rg envelope_rg	30.40 Å
形状 Rg shape_rg	31.09 Å
总 Rg total_rg	31.50 Å
总原子数 total_atoms	2973
残基数 n_residues	346
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7305
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4214000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.566; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.376; Smooth: 0.425

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1a5da1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family family	b.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins

结构域编号 domain_id	d1a5da2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family family	b.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins

结构域编号 domain_id	d1a5db1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family family	b.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins

结构域编号 domain_id	d1a5db2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family family	b.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1a5dA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Crystallins

结构域编号 domain_id	1a5dA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Crystallins

结构域编号 domain_id	1a5dB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Crystallins

结构域编号 domain_id	1a5dB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Crystallins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.760 Å
晶胞边长 b length_b	43.710 Å
晶胞边长 c length_c	107.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1680
R_free r_free	—

描述 description	GAMMAE CRYSTALLIN
分子量 formula_weight	21163.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3230

GAMMAE CRYSTALLIN FROM RAT LENS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAMMAE CRYSTALLIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	257

fit	/app/data/saxs_computation/a5/1a5d/1a5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a5/1a5d/1a5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a5/1a5d/1a5d.dat