SAXSdb — 1a65

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LACCASE

Coprinopsis cinerea

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–522	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PYE TETRAHYDROPYRAN × 1 CU COPPER (II) ION × 3 O OXYGEN ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.23 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A65	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HFU TYPE-2 CU-DEPLETED LACCASE FROM COPRINUS CINEREUS at 1.68 A resolution 提交 2000-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–521（503 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PROTEIN WAS AT 30MG/ML IN 100MM ACETATE BUFFER PH 5.5. CRYSTALS GROW FROM 20-30% PEG 8000	分辨率 1.68 Å R-free 0.207

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9Y780_COPCI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–504； UniProt 19–522

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a65
沉积日期 deposition_date	1998-03-05
结构标题 title	TYPE-2 CU-DEPLETED LACCASE FROM COPRINUS CINEREUS
关键词 keywords	LACCASE, BLUE MULTI-COPPER OXIDASE, TYPE-2 COPPER DEPLETED, OXIDOREDUCTASE, GLYCOPROTEIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LACCASE
分子量 formula_weight	54565.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4168

QIVNSVDTMTLTNANVSPDGFTRAGILVNGVHGPLIRGGKNDNFELNVVNDLDNPTMLRPTSIHWHGLFQRGTNWADGADGVNQCPISPGHAFLYKFTPAGHAGTFWYHSHFGTQYCDGLRGPMVIYDDNDPHAALYDEDDENTIITLADWYHIPAPSIQGAAQPDATLINGKGRYVGGPAAELSIVNVEQGKKYRMRLISLSCDPNWQFSIDGHELTIIEVDGELTEPHTVDRLQIFTGQRYSFVLDANQPVDNYWIRAQPNKGRNGLAGTFANGVNSAILRYAGAANADPTTSANPNPAQLNEADLHALIDPAAPGIPTPGAADVNLRFQLGFSGGRFTINGTAYESPSVPTLLQIMSGAQSANDLLPAGSVYELPRNQVVELVVPAGVLGGPHPFHLHGHAFSVVRSAGSSTYNFVNPVKRDVVSLGVTGDEVTIRFVTDNPGPWFFHCHIEFHLMNGLAIVFAEDMANTVDANNPPVEWAQLCEIYDDLPPEATSIQTVV

来源 Source

来源生物 organism	Coprinopsis cinerea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5346
宿主生物 host_organism	Aspergillus oryzae

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAHYDROPYRAN
分子量 formula_weight	86.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	OXYGEN ATOM
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	296

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1a65a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

结构域编号 domain_id	d1a65a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

结构域编号 domain_id	d1a65a3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1a65A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1a65A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1a65A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.390 Å
晶胞边长 b length_b	85.720 Å
晶胞边长 c length_c	143.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.2200

TYPE-2 CU-DEPLETED LACCASE FROM COPRINUS CINEREUS