SAXSdb — 1add

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENOSINE DEAMINASE

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–352	未记录	ZN ZINC ION × 1 1DA 1-DEAZA-ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ADD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4L ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH DEOXYCOFORMYCIN AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCF 2'-DEOXYCOFORMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1A4L ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH DEOXYCOFORMYCIN AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCF 2'-DEOXYCOFORMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1A4L ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH DEOXYCOFORMYCIN AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCF 2'-DEOXYCOFORMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1A4L ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH DEOXYCOFORMYCIN AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DCF 2'-DEOXYCOFORMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1A4M ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH PURINE RIBOSIDE AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.281
1A4M ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH PURINE RIBOSIDE AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.281
1A4M ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH PURINE RIBOSIDE AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.281
1A4M ADA STRUCTURE COMPLEXED WITH PURINE RIBOSIDE AT PH 7.0 提交 1998-01-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 4–352（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 3350, 100 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.281
1FKW MURINE ADENOSINE DEAMINASE (D295E) 提交 1996-02-29	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	突变：D295E	ZN ZINC ION × 1 PUR PURINE RIBOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1FKX MURINE ADENOSINE DEAMINASE (D296A) 提交 1996-02-29	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	突变：D296A	ZN ZINC ION × 1 PRH 6-HYDROXY-1,6-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1UIO ADENOSINE DEAMINASE (HIS 238 ALA MUTANT) 提交 1996-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	突变：H238A	ZN ZINC ION × 1 HPR 6-HYDROXY-7,8-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1UIP ADENOSINE DEAMINASE (HIS 238 GLU MUTANT) 提交 1996-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	突变：H238E	ZN ZINC ION × 1 PUR PURINE RIBOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2ADA ATOMIC STRUCTURE OF ADENOSINE DEAMINASE COMPLEXED WITH A TRANSITION-STATE ANALOG: UNDERSTANDING CATALYSIS AND IMMUNODEFICIENCY MUTATIONS 提交 1994-12-02	构建体不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–352（352 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HPR 6-HYDROXY-7,8-DIHYDRO PURINE NUCLEOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
3KM8 Crystal structuore of adenosine deaminase from mus musculus complexed with 9-deazainosine 提交 2009-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–352（352 aa）	突变：E217Q, Y240E	9DI 9-DEAZAINOSINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 2000 MME, 150mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3KM8 Crystal structuore of adenosine deaminase from mus musculus complexed with 9-deazainosine 提交 2009-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–352（352 aa）	突变：E217Q, Y240E	9DI 9-DEAZAINOSINE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；10% PEG 2000 MME, 150mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3MVI Crystal structure of holo mADA at 1.6 A resolution 提交 2010-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）片段：UNP residues 4-352	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris_HCl, pH 8.5 and 25% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
3MVI Crystal structure of holo mADA at 1.6 A resolution 提交 2010-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–352（349 aa）片段：UNP residues 4-352	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100 mM Tris_HCl, pH 8.5 and 25% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
3MVT Crystal structure of apo mADA at 2.2A resolution 提交 2010-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）片段：UNP residues 4-352	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；295 K；200 mM Ammonium sulfate, 20 % PEG 3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3MVT Crystal structure of apo mADA at 2.2A resolution 提交 2010-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 4–352（349 aa）片段：UNP residues 4-352	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；295 K；200 mM Ammonium sulfate, 20 % PEG 3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3T1G Engineering of organophosphate hydrolase by computational design and directed evolution 提交 2011-07-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–352（349 aa）	突变：D19S,L58Q,F61T,F65W,Q138H,A183I,V218F,D296A,I299E	ZN ZINC ION × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, 20% PEG3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250

共 11 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–349； UniProt 4–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1add
沉积日期 deposition_date	1992-12-22
结构标题 title	A PRE-TRANSITION STATE MIMIC OF AN ENZYME: X-RAY STRUCTURE OF ADENOSINE DEAMINASE WITH BOUND 1-DEAZA-ADENOSINE AND ZINC-ACTIVATED WATER
关键词 keywords	HYDROLASE(ACTING IN CYCLICAMIDINES); HYDROLASE(ACTING IN CYCLICAMIDINES)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.99 Å
零角强度 I(0) i0	26633300.00
分子量 molecular_weight	39981.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50097 Å³
包络体积 envelope_volume	54392 Å³
水化壳体积 shell_volume	22990 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.30 Å
包络 Rg envelope_rg	19.30 Å
形状 Rg shape_rg	18.99 Å
总 Rg total_rg	19.91 Å
总原子数 total_atoms	2812
残基数 n_residues	349
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9028
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8524000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.968

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADENOSINE DEAMINASE
分子量 formula_weight	39715.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2922

TPAFNKPKVELHVHLDGAIKPETILYFGKKRGIALPADTVEELRNIIGMDKPLSLPGFLAKFDYYMPVIAGCREAIKRIAYEFVEMKAKEGVVYVEVRYSPHLLANSKVDPMPWNQTEGDVTPDDVVDLVNQGLQEGEQAFGIKVRSILCCMRHQPSWSLEVLELCKKYNQKTVVAMDLAGDETIEGSSLFPGHVEAYEGAVKNGIHRTVHAGEVGSPEVVREAVDILKTERVGHGYHTIEDEALYNRLLKENMHFEVCPWSSYLTGAWDPKTTHAVVRFKNDKANYSLNTDDPLIFKSTLDTDYQMTKKDMGFTEEEFKRLNINAAKSSFLPEEEKKELLERLYREYQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-DEAZA-ADENOSINE
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	110

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1adda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.1 — Adenosine/AMP deaminase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1addA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	102.390 Å
晶胞边长 b length_b	94.280 Å
晶胞边长 c length_c	73.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ad/1add/1add.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ad/1add/1add.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ad/1add/1add.dat

A PRE-TRANSITION STATE MIMIC OF AN ENZYME: X-RAY STRUCTURE OF ADENOSINE DEAMINASE WITH BOUND 1-DEAZA-ADENOSINE AND ZINC-ACTIVATED WATER