1ade

STRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE PH 7 AT 25 DEGREES CELSIUS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE

物种未注明

UniProt P0A7D4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–431 链 B; UniProt 1–431 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.0 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PURA_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–431; UniProt 1–431 作者链 B; PDB构建体 1–431; UniProt 1–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ade

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ade
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ade
沉积日期 deposition_date1995-09-14
结构标题 titleSTRUCTURE OF ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE PH 7 AT 25 DEGREES CELSIUS
关键词 keywordsPURINE NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS, LIGASE, GTP-HYDROLYZING ENZYMES, LIGASE (SYNTHETASE); LIGASE (SYNTHETASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.50
零角强度 I(0) i0143448000.00
分子量 molecular_weight94408.0 kDa
排除体积 excluded_volume118210 ų
包络体积 envelope_volume142390 ų
水化壳体积 shell_volume41577 ų
包络直径 envelope_diameter95.7
壳层 Rg shell_rg36.15
包络 Rg envelope_rg27.51
形状 Rg shape_rg27.49
总 Rg total_rg28.34
总原子数 total_atoms8128
残基数 n_residues862
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.6
Rg (实空间) rg_real28.27
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real1.4340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal143500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7222
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.2
偏度 Skewness skewness0.188
峰度 Kurtosis kurtosis-0.427
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha55960000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1adea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like
结构域编号 domain_idd1adeb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1adeA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology440 — Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1adeA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology300 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id1adeA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology170 — Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3
结构域编号 domain_id1adeB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology440 — Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1adeB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology300 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 2
结构域编号 domain_id1adeB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology170 — Adenylosuccinate Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenylosuccinate Synthetase, subunit A, domain 3

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)