SAXSdb — 1adv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 174–529 链 B； UniProt 174–529	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.336

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ADV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADU EARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN 提交 1995-05-11	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 174–529（356 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529 链 B 174–529（356 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1ANV ADENOVIRUS 5 DBP/URANYL FLUORIDE SOAK 提交 1996-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 174–529（356 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529	未记录	ZN ZINC ION × 2 IUM URANYL (VI) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.310

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNB2_ADE05
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 174–529 作者链 B； PDB构建体 1–356； UniProt 174–529

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1adv
沉积日期 deposition_date	1995-05-12
结构标题 title	EARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN
关键词 keywords	DNA-BINDING PROTEIN, SSDNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.12 Å
零角强度 I(0) i0	69405000.00
分子量 molecular_weight	64859.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80761 Å³
包络体积 envelope_volume	107630 Å³
水化壳体积 shell_volume	29539 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.67 Å
包络 Rg envelope_rg	31.88 Å
形状 Rg shape_rg	31.19 Å
总 Rg total_rg	31.43 Å
总原子数 total_atoms	4534
残基数 n_residues	573
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7938
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.203
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.568; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.633; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1adva1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.54 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	a.54.1 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP
家族 Family family	a.54.1.1 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP

结构域编号 domain_id	d1adva2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.51 — Zn-binding domains of ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	g.51.1 — Zn-binding domains of ADDBP
家族 Family family	g.51.1.1 — Zn-binding domains of ADDBP

结构域编号 domain_id	d1adva3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.51 — Zn-binding domains of ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	g.51.1 — Zn-binding domains of ADDBP
家族 Family family	g.51.1.1 — Zn-binding domains of ADDBP

结构域编号 domain_id	d1advb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.54 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	a.54.1 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP
家族 Family family	a.54.1.1 — Domain of early E2A DNA-binding protein, ADDBP

结构域编号 domain_id	d1advb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.51 — Zn-binding domains of ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	g.51.1 — Zn-binding domains of ADDBP
家族 Family family	g.51.1.1 — Zn-binding domains of ADDBP

结构域编号 domain_id	d1advb3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.51 — Zn-binding domains of ADDBP
超家族 Superfamily superfamily	g.51.1 — Zn-binding domains of ADDBP
家族 Family family	g.51.1.1 — Zn-binding domains of ADDBP

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1advA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	269 — Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1advA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	148 — Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain

结构域编号 domain_id	1advB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	269 — Adenovirus Single-stranded Dna-binding Protein, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus DNA-binding, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1advB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	148 — Adenovirus Single-stranded DNA-binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenovirus DNA-binding, C-terminal domain superfamily/Adenovirus DNA-binding, zinc binding domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	61.370 Å
晶胞边长 b length_b	89.580 Å
晶胞边长 c length_c	149.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.3360

描述 description	ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	39899.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4534

EARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

fit	/app/data/saxs_computation/ad/1adv/1adv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ad/1adv/1adv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ad/1adv/1adv.dat