SAXSdb — 1aer

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOTOXIN A

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 425–634 链 B； UniProt 425–634	片段：DOMAIN III OF PSEUDOMONAS TOXIN	TAD BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 TIA 2-(1,5-DIDEOXYRIBOSE)-4-AMIDO-THIAZOLE × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AER	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DMA DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH NICOTINAMIDE AND AMP 提交 1995-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 425–638（214 aa）链 B 425–638（214 aa）	未记录	NCA NICOTINAMIDE × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
1IKP Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, P201Q, W281A mutant 提交 2001-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–638（613 aa）	突变：W281A, P201Q	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；281 K；PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.228
1IKQ Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin A, wild type 提交 2001-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–638（613 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；281 K；PEG 8000, sodium chloride, hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 1.62 Å R-free 0.235
1XK9 Pseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor 提交 2004-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 424–638（215 aa）片段：catalytic fragment, PE24H	未记录	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, DTT, NaAzid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
1XK9 Pseudomanas exotoxin A in complex with the PJ34 inhibitor 提交 2004-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 424–638（215 aa）片段：catalytic fragment, PE24H	未记录	P34 N~2~,N~2~-DIMETHYL-N~1~-(6-OXO-5,6-DIHYDROPHENANTHRIDIN-2-YL)GLYCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；sodium citrate, DTT, NaAzid, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2ZIT Structure of the eEF2-ExoA-NAD+ complex 提交 2008-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.266
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：R551H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：R551H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B78 Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex 提交 2007-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：R551H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B82 Structure of the eEF2-ExoA(E546H)-NAD+ complex 提交 2007-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546H	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3B8H Structure of the eEF2-ExoA(E546A)-NAD+ complex 提交 2007-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 425–630（206 aa）片段：catalytic domain	突变：E546A	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256

共 8 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOXA_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–211； UniProt 425–634 作者链 B； PDB构建体 2–211； UniProt 425–634

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1aer
沉积日期 deposition_date	1995-12-11
结构标题 title	DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH BETA-TAD
关键词 keywords	TOXIN, ADP-RIBOSYLATION, TRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE, NAD; ADP-RIBOSYLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.58 Å
零角强度 I(0) i0	33585200.00
分子量 molecular_weight	43813.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54547 Å³
包络体积 envelope_volume	66297 Å³
水化壳体积 shell_volume	24583 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.38 Å
包络 Rg envelope_rg	22.74 Å
形状 Rg shape_rg	22.56 Å
总 Rg total_rg	23.50 Å
总原子数 total_atoms	3101
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9124000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.896

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EXOTOXIN A
分子量 formula_weight	22918.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3209

AFLGDGGDVSFSTRGTQNWTVERLLQAHRQLEERGYVFVGYHGTFLEAAQSIVFGGVRARSQDLDAIWRGFYIAGDPALAYGYAQDQEPDARGRIRNGALLRVYVPRSSLPGFYRTSLTLAAPEAAGEVERLIGHPLPLRLDAITGPEEEGGRLETILGWPLAERTVVIPSAIPTDPRNVGGDLDPSSIPDKEQAISALPDYASQPGKPPR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	667.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(1,5-DIDEOXYRIBOSE)-4-AMIDO-THIAZOLE
分子量 formula_weight	244.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1aera_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d1aerb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1aerA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	175 — Diphtheria Toxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diphtheria Toxin, domain 1

结构域编号 domain_id	1aerB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	175 — Diphtheria Toxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diphtheria Toxin, domain 1

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	87.640 Å
晶胞边长 b length_b	87.640 Å
晶胞边长 c length_c	133.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2850

fit	/app/data/saxs_computation/ae/1aer/1aer.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ae/1aer/1aer.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ae/1aer/1aer.dat

DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH BETA-TAD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXOTOXIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction