1ao7

COMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR, VIRAL PEPTIDE (TAX), AND HLA-A 0201

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 130.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA-A 0201

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2, ALPHA 3 BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P61769) TAX PEPTIDE × 1 (P14079) T CELL RECEPTOR ALPHA × 1 T CELL RECEPTOR BETA × 1 EMC ETHYL MERCURY ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:EXTRACELLULAR DOMAINS ALPHA 1, ALPHA 2, ALPHA 3 BETA-2 MICROGLOBULIN × 2 (P61769) TAX PEPTIDE × 2 (P14079) T CELL RECEPTOR ALPHA × 2 T CELL RECEPTOR BETA × 2 EMC ETHYL MERCURY ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、464 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–275; UniProt 25–299

BETA-2 MICROGLOBULIN

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 突变:Y67C, K91C HLA-A 0201 × 1 (P01892) TAX PEPTIDE × 1 (P14079) T CELL RECEPTOR ALPHA × 1 T CELL RECEPTOR BETA × 1 EMC ETHYL MERCURY ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 突变:Y67C, K91C HLA-A 0201 × 2 (P01892) TAX PEPTIDE × 2 (P14079) T CELL RECEPTOR ALPHA × 2 T CELL RECEPTOR BETA × 2 EMC ETHYL MERCURY ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1997 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

TAX PEPTIDE

Human T-lymphotropic virus 1

UniProt P14079

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 16–24 片段:RESIDUES 11 - 19 FROM TAX PROTEIN OF HUMAN T LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1 HLA-A 0201 × 1 (P01892) BETA-2 MICROGLOBULIN × 1 (P61769) T CELL RECEPTOR ALPHA × 1 T CELL RECEPTOR BETA × 1 EMC ETHYL MERCURY ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 16–24 片段:RESIDUES 11 - 19 FROM TAX PROTEIN OF HUMAN T LYMPHOTROPIC VIRUS TYPE 1 HLA-A 0201 × 2 (P01892) BETA-2 MICROGLOBULIN × 2 (P61769) T CELL RECEPTOR ALPHA × 2 T CELL RECEPTOR BETA × 2 EMC ETHYL MERCURY ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 8000, 100 MM MGACETATE, 50 MM NACACODYLATE, PH 6.5 分辨率 2.60 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAT_HTL1C
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 16–24

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ao7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ao7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ao7
沉积日期 deposition_date1997-07-21
结构标题 titleCOMPLEX BETWEEN HUMAN T-CELL RECEPTOR, VIRAL PEPTIDE (TAX), AND HLA-A 0201
关键词 keywordsCLASS I MHC, T-CELL RECEPTOR, VIRAL PEPTIDE, COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR, COMPLEX (MHC-VIRAL PEPTIDE-RECEPTOR) COMPLEX; COMPLEX (MHC/VIRAL PEPTIDE/RECEPTOR)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.98
零角强度 I(0) i0109429000.00
分子量 molecular_weight80774.0 kDa
排除体积 excluded_volume99606 ų
包络体积 envelope_volume133770 ų
水化壳体积 shell_volume34936 ų
包络直径 envelope_diameter138.2
壳层 Rg shell_rg37.31
包络 Rg envelope_rg35.90
形状 Rg shape_rg34.96
总 Rg total_rg35.22
总原子数 total_atoms5674
残基数 n_residues707
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.7
Rg (实空间) rg_real35.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.69
I(0) (实空间) i0_real1.0940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal109400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7712
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.732
峰度 Kurtosis kurtosis0.139
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12090000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.498; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.637; Smooth: 0.891

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1ao7a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1ao7a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd1ao7b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1ao7b3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1ao7d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1ao7e1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1ao7e2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ao7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id1ao7A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ao7B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ao7D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ao7E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ao7E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)