SAXSdb — 1apl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN)

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 128–210 链 D； UniProt 128–210	未记录	;DNA (5'-D(APCPAPTPGPTPAPAPTPTPCPAPTPTPTPAPC PAPCPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPGPTPGPTPAPAPAPTPGPAPAPTPTPA PCPAPTPG)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1APL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKH MAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX 提交 1997-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 128–210（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；100MM HEPES PH 7.0, 20MM CACL2, 5MM [CO(NH3)6]CL3., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1MNM YEAST MATALPHA2/MCM1/DNA TERNARY TRANSCRIPTION COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE 提交 1997-11-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 103–189（87 aa）片段：RESIDUES 113 - 189 链 D 103–189（87 aa）片段：RESIDUES 113 - 189	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 2.25 Å R-free 0.285
1YRN CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA 提交 1995-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 128–210（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.298

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTAL2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 128–210 作者链 D； PDB构建体 1–83； UniProt 128–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1apl
沉积日期 deposition_date	1993-10-04
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN-OPERATOR COMPLEX SUGGESTS A GENERAL MODEL FOR HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, DOUBLE HELIX, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.25 Å
零角强度 I(0) i0	20291000.00
分子量 molecular_weight	26148.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29006 Å³
包络体积 envelope_volume	39672 Å³
水化壳体积 shell_volume	15435 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.27 Å
包络 Rg envelope_rg	22.94 Å
形状 Rg shape_rg	23.24 Å
总 Rg total_rg	23.77 Å
总原子数 total_atoms	1791
残基数 n_residues	159
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7122
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.416
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.691
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.547; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPAPTPGPTPAPAPTPTPCPAPTPTPTPAPC PAPCPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6381.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1791

ACATGTAATTCATTTACACGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPGPTPGPTPAPAPAPTPGPAPAPTPTPA PCPAPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6501.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TGCGTGTAAATGAATTACATG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN)
分子量 formula_weight	9773.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

TKPYRGHRFTKENVRILESWFAKNIENPYLDTKGLENLMKNTSLSRIQIKNWVSNRRRKEKTITIAPELADLLSGEPLAKKKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1aplc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1apld_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1aplC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1aplD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	60.780 Å
晶胞边长 b length_b	39.930 Å
晶胞边长 c length_c	68.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ap/1apl/1apl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ap/1apl/1apl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ap/1apl/1apl.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF A MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN-OPERATOR COMPLEX SUGGESTS A GENERAL MODEL FOR HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)