SAXSdb — 1yrn

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yrn
沉积日期 deposition_date	1995-11-02
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA
关键词 keywords	COMPLEX, DNA-BINDING PROTEIN, DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.18 Å
零角强度 I(0) i0	20447000.00
分子量 molecular_weight	26966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30391 Å³
包络体积 envelope_volume	38697 Å³
水化壳体积 shell_volume	16641 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.77 Å
包络 Rg envelope_rg	20.13 Å
形状 Rg shape_rg	20.13 Å
总 Rg total_rg	20.90 Å
总原子数 total_atoms	1849
残基数 n_residues	169
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.349
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2263000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPCPAPTPGPTPAPAPTPTPTPAPTPTPAPC PAPTPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6395.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	1907

TACATGTAATTTATTACATCA

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPGPAPTPGPTPAPAPTPAPAPAPTPTPA PCPAPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	6484.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TATGATGTAATAAATTACATG

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (MAT A1 HOMEODOMAIN)
分子量 formula_weight	7164.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KKEKSPKGKSSISPQARAFLEQVFRRKQSLNSKEKEEVAKKCGITPLQVRVWFINKRMRSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (MAT ALPHA2 HOMEODOMAIN)
分子量 formula_weight	9773.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TKPYRGHRFTKENVRILESWFAKNIENPYLDTKGLENLMKNTSLSRIQIKNWVSNRRRKEKTITIAPELADLLSGEPLAKKKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1yrna_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1yrnb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1yrnA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1yrnB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	132.380 Å
晶胞边长 b length_b	132.380 Å
晶胞边长 c length_c	45.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/yr/1yrn/1yrn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yr/1yrn/1yrn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yr/1yrn/1yrn.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)