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1aso

X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 118.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASCORBATE OXIDASE

Cucurbita pepo var. melopepo

UniProt P37064

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–552 链 B； UniProt 1–552 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 9 OH HYDROXIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–552 链 B； UniProt 1–552 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CU COPPER (II) ION × 18 OH HYDROXIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ASO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AOZ REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ASCORBATE OXIDASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-01-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 5 C2O CU-O-CU LINKAGE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1AOZ REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ASCORBATE OXIDASE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-01-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CU COPPER (II) ION × 10 C2O CU-O-CU LINKAGE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1ASP X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS 提交 1992-11-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 9 OH HYDROXIDE ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.59 Å
1ASP X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS 提交 1992-11-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CU COPPER (II) ION × 18 OH HYDROXIDE ION × 4 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.59 Å
1ASQ X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS 提交 1992-11-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 9 OH HYDROXIDE ION × 2 AZI AZIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.32 Å
1ASQ X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS 提交 1992-11-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–552（552 aa）
链 B 1–552（552 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CU COPPER (II) ION × 18 OH HYDROXIDE ION × 4 AZI AZIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.32 Å

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ASO_CUCPM
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–552； UniProt 1–552 作者链 B； PDB构建体 1–552； UniProt 1–552

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aso

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aso
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aso
沉积日期 deposition_date1992-11-25
结构标题 titleX-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.69 Å
零角强度 I(0) i0235508000.00
分子量 molecular_weight124410.0 kDa
排除体积 excluded_volume155530 ų
包络体积 envelope_volume194510 ų
水化壳体积 shell_volume46675 ų
包络直径 envelope_diameter127.1 Å
壳层 Rg shell_rg41.20 Å
包络 Rg envelope_rg34.73 Å
形状 Rg shape_rg34.68 Å
总 Rg total_rg35.15 Å
总原子数 total_atoms8771
残基数 n_residues1104
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.7 Å
Rg (实空间) rg_real34.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal235500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8719
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3 Å
偏度 Skewness skewness0.407
峰度 Kurtosis kurtosis-0.412
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha107600000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.959
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1asoa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1asoa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1asoa3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1asob1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1asob2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins
结构域编号 domain_idd1asob3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.3 — Multidomain cupredoxins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1asoA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1asoA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1asoA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1asoB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1asoB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1asoB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)