SAXSdb — 1auy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS

Turnip yellow mosaic virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 180 PDB 声明：complete icosahedral assembly（180）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric（45）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.00 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AUY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251
1W39 Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus 提交 2004-07-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–189（189 aa）链 B 1–189（189 aa）链 C 1–189（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP	分辨率 3.75 Å R-free 0.251

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_TYMV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–190； UniProt 1–189 作者链 B； PDB构建体 2–190； UniProt 1–189 作者链 C； PDB构建体 2–190； UniProt 1–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1auy
沉积日期 deposition_date	1997-09-07
结构标题 title	TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
关键词 keywords	PLANT VIRUS, CAPSID PROTEIN, COAT PROTEIN, JELLYROLL, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.45 Å
零角强度 I(0) i0	48685300.00
分子量 molecular_weight	57654.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73365 Å³
包络体积 envelope_volume	91070 Å³
水化壳体积 shell_volume	26899 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.03 Å
包络 Rg envelope_rg	29.47 Å
形状 Rg shape_rg	29.44 Å
总 Rg total_rg	30.04 Å
总原子数 total_atoms	4045
残基数 n_residues	541
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8994
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.708
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6352000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1auya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1auyb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1auyc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.6 — Tymoviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1auyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1auyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1auyC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	515.500 Å
晶胞边长 b length_b	515.500 Å
晶胞边长 c length_c	309.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	540

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.1930

描述 description	TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
分子量 formula_weight	20169.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4045

TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Turnip yellow mosaic virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12154
宿主生物 host_organism	Brassica rapa subsp. chinensis

fit	/app/data/saxs_computation/au/1auy/1auy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/1auy/1auy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/1auy/1auy.dat