SAXSdb — 1avv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEGATIVE FACTOR

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 58–206	片段：CORE DOMAIN 突变：DEL(2-57), N-TERMINAL RESIDUES GS (PART OF A THROMBIN CLEAVAGE SITE)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AVV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVZ V-1 NEF PROTEIN IN COMPLEX WITH WILD TYPE FYN SH3 DOMAIN 提交 1997-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 58–206（149 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN 链 B 58–206（149 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN	突变：N-TERMINAL RESIDUES GS (PART OF A THROMBIN CLEAVAGE SITE) 突变：N-TERMINAL RESIDUES GS (PART OF A THROMBIN CLEAVAGE SITE)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.9；pH 8.9	分辨率 3.00 Å R-free 0.270
1EFN HIV-1 NEF PROTEIN IN COMPLEX WITH R96I MUTANT FYN SH3 DOMAIN 提交 1996-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 54–205（152 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN OF NEF, RESIDUES 71-203 链 D 54–205（152 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN OF NEF, RESIDUES 71-203	突变：T71R 突变：T71R	PBM TRIMETHYL LEAD ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
4D8D Crystal structure of HIV-1 NEF Fyn-SH3 R96W variant 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 58–204（147 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN (UNP Residues 58-204)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；0.3 M sodium potassium tartrate, 0.5 M bicine buffer , 1cmc D-octylglucopyranoside, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.238
4D8D Crystal structure of HIV-1 NEF Fyn-SH3 R96W variant 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 58–204（147 aa）片段：CONSERVED CORE DOMAIN (UNP Residues 58-204)	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；0.3 M sodium potassium tartrate, 0.5 M bicine buffer , 1cmc D-octylglucopyranoside, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.52 Å R-free 0.238

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEF_HV1BR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–151； UniProt 58–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1avv
沉积日期 deposition_date	1997-09-21
结构标题 title	HIV-1 NEF PROTEIN, UNLIGANDED CORE DOMAIN
关键词 keywords	MYRISTYLATION, GTP-BINDING, PHOSPHORYLATION, HIV-1, NEF, VIRUS, PXXP MOTIF; MYRISTYLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.06 Å
零角强度 I(0) i0	2673610.00
分子量 molecular_weight	11830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15004 Å³
包络体积 envelope_volume	16388 Å³
水化壳体积 shell_volume	10771 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.6 Å
壳层 Rg shell_rg	18.64 Å
包络 Rg envelope_rg	13.38 Å
形状 Rg shape_rg	13.03 Å
总 Rg total_rg	14.46 Å
总原子数 total_atoms	843
残基数 n_residues	99
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.0 Å
Rg (实空间) rg_real	14.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6740e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6020e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2674000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.106
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	419700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1avva_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.1 — Regulatory factor Nef

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1avvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	85.160 Å
晶胞边长 b length_b	85.160 Å
晶胞边长 c length_c	85.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 2 3
空间群编号 int_tables_number	195
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2800

描述 description	NEGATIVE FACTOR
分子量 formula_weight	17568.7 kDa
突变 mutation	DEL(2-57), N-TERMINAL RESIDUES GS (PART OF A THROMBIN CLEAVAGE SITE)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	843

HIV-1 NEF PROTEIN, UNLIGANDED CORE DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEGATIVE FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/av/1avv/1avv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/av/1avv/1avv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/av/1avv/1avv.dat