1aw1

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS COMPLEXED WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 174.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE

Moritella marina

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–256 链 B； UniProt 1–256	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.215
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–256 链 E； UniProt 1–256	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.215
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–256 链 H； UniProt 1–256	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.215
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–256 链 K； UniProt 1–256	未记录	PGA 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AW1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW2 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS 提交 1997-10-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–256（256 aa）链 B 1–256（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 100MM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 1.26M SODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.219
1AW2 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS 提交 1997-10-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–256（256 aa）链 E 1–256（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 100MM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 1.26M SODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.219
1AW2 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS 提交 1997-10-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–256（256 aa）链 H 1–256（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 100MM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 1.26M SODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.219
1AW2 TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS 提交 1997-10-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–256（256 aa）链 K 1–256（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 100MM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 1.26M SODIUM CITRATE PH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.219

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPIS_VIBMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 B； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 D； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 E； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 H； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 J； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256 作者链 K； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1aw1
沉积日期 deposition_date	1997-10-09
结构标题 title	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS COMPLEXED WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE
关键词 keywords	ISOMERASE, PSYCHROPHILIC, VIBRIO MARINUS; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.08 Å
零角强度 I(0) i0	687111000.00
分子量 molecular_weight	213660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	265740 Å³
包络体积 envelope_volume	358650 Å³
水化壳体积 shell_volume	59802 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.22 Å
包络 Rg envelope_rg	51.61 Å
形状 Rg shape_rg	52.09 Å
总 Rg total_rg	52.04 Å
总原子数 total_atoms	15016
残基数 n_residues	2036
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.4 Å
Rg (实空间) rg_real	52.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	686900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6251
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.403
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.486

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
分子量 formula_weight	26766.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E,G,H,J,K
原子数 atom_count	15324

MRHPVVMGNWKLNGSKEMVVDLLNGLNAELEGVTGVDVAVAPPALFVDLAERTLTEAGSAIILGAQNTDLNNSGAFTGDMSPAMLKEFGATHIIIGHSERREYHAESDEFVAKKFAFLKENGLTPVLCIGESDAQNEAGETMAVCARQLDAVINTQGVEALEGAIIAYEPIWAIGTGKAATAEDAQRIHAQIRAHIAEKSEAVAKNVVIQYGGSVKPENAAAYFAQPDIDGALVGGAALDAKSFAAIAKAAAEAKA

来源 Source

来源生物 organism	Moritella marina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90736
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID
分子量 formula_weight	156.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1aw1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

结构域编号 domain_id	d1aw1k_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)
家族 Family family	c.1.1.1 — Triosephosphate isomerase (TIM)

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1aw1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1aw1K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.508 Å
晶胞边长 b length_b	138.076 Å
晶胞边长 c length_c	89.524 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/aw/1aw1/1aw1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aw/1aw1/1aw1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aw/1aw1/1aw1.dat