SAXSdb — 1awc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA)

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 320–429	片段：ETS DOMAIN PLUS 30 C-TERMINAL RESIDUES	;DNA (5'-D(APAP(BRU)PGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPAP(CBR)PAPCP(CBR)PGPGPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPTPCPCPGPGP(BRU)PGP(BRU)PAPCPTPTPCPCPGPGPTPCPAPT)-3') ; × 1 PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1) × 1 （Q00420）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9；100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 9, 12 % PEG 1000, 5 MM COBALTIC HEXAMINE CHLORIDE, 1 MM DTT, 20 MM TRIS, 1 MM EDTA, 0.001 % SODIUM AZIDE, pH 9.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AWC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SXD Solution Structure of the Pointed (PNT) Domain from mGABPa 提交 2004-03-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 168–254（87 aa）片段：PNT domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM GABPa U-15N,13C, 20mM phosphate buffer pH 7.2, 20mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM GABPa 100%15N,10%13C, 20mM phosphate buffer pH 7.2 20mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM GABPa 100%15N, 20mM phosphate buffer pH 7.2 20mM NaCl, 2mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2JUO GABPa OST domain 提交 2007-08-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–121（87 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298.1 K NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] GABPa OST, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GABPA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 320–429

PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1)

Mus musculus

UniProt Q00420

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 5–157	片段：ANKYRIN REPEAT DOMAIN	;DNA (5'-D(APAP(BRU)PGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPAP(CBR)PAPCP(CBR)PGPGPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPTPCPCPGPGP(BRU)PGP(BRU)PAPCPTPTPCPCPGPGPTPCPAPT)-3') ; × 1 PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA) × 1 （Q00422）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9；100 MM BIS-TRIS PROPANE PH 9, 12 % PEG 1000, 5 MM COBALTIC HEXAMINE CHLORIDE, 1 MM DTT, 20 MM TRIS, 1 MM EDTA, 0.001 % SODIUM AZIDE, pH 9.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GABP2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 5–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1awc
沉积日期 deposition_date	1997-10-01
结构标题 title	MOUSE GABP ALPHA/BETA DOMAIN BOUND TO DNA
关键词 keywords	;COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA), DNA-BINDING, NUCLEAR PROTEIN, ETS DOMAIN, ANKYRIN REPEATS, TRANSCRIPTION FACTOR, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.73 Å
零角强度 I(0) i0	44658400.00
分子量 molecular_weight	42584.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49214 Å³
包络体积 envelope_volume	63132 Å³
水化壳体积 shell_volume	22886 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.91 Å
包络 Rg envelope_rg	23.77 Å
形状 Rg shape_rg	23.66 Å
总 Rg total_rg	24.52 Å
总原子数 total_atoms	2920
残基数 n_residues	300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9127
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.213
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3115000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAP(BRU)PGPAPCPCPGPGPAPAPGPTPAP(CBR)PAPCP(CBR)PGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6712.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	2966

AAUGACCGGAAGTACACCGGA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPCPCPGPGP(BRU)PGP(BRU)PAPCPTPTPCPCPGPGPTPCPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6525.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TTCCGGUGUACTTCCGGTCAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA)
分子量 formula_weight	13065.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

IQLWQFLLELLTDKDARDCISWVGDEGEFKLNQPELVAQKWGQRKNKPTMNYEKLSRALRYYYDGDMICKVQGKRFVYKFVCDLKTLIGYSAAELNRLVIECEQKKLARM

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1)
分子量 formula_weight	16834.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DLGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGAPFTTDWLGTSPLHLAAQYGHFSTTEVLLRAGVSRDARTKVDRTPLHMAASEGHANIVEVLLKHGADVNAKDMLKMTALHWATEHNHQEVVELLIKYGADVHTQSKFCKTAFDISIDNGNEDLAEILQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1awca_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

结构域编号 domain_id	d1awcb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1awcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1awcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	201.600 Å
晶胞边长 b length_b	34.550 Å
晶胞边长 c length_c	59.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2820

fit	/app/data/saxs_computation/aw/1awc/1awc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aw/1awc/1awc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aw/1awc/1awc.dat

MOUSE GABP ALPHA/BETA DOMAIN BOUND TO DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GA BINDING PROTEIN ALPHA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (GA BINDING PROTEIN BETA 1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)