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1ay2

STRUCTURE OF THE FIBER-FORMING PROTEIN PILIN AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE 4 PILIN

物种未注明

UniProt P02974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 8–165 未记录 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PT PLATINUM (II) ION × 2 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL. 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AY2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HI2 Crystal structure of native Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin at 2.3 Angstroms Resolution 提交 2006-06-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–165（158 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；22% PEG 400 5% HEPTANE TRIOL 50 mM CHES, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.282
2HIL Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy 提交 2006-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 8–165（158 aa）
链 B 8–165（158 aa）
链 C 8–165（158 aa）
链 D 8–165（158 aa）
链 E 8–165（158 aa）
链 F 8–165（158 aa）
链 G 8–165（158 aa）
链 H 8–165（158 aa）
链 I 8–165（158 aa）
链 J 8–165（158 aa）
链 K 8–165（158 aa）
链 L 8–165（158 aa）
链 M 8–165（158 aa）
链 N 8–165（158 aa）
链 O 8–165（158 aa）
链 P 8–165（158 aa）
链 Q 8–165（158 aa）
链 R 8–165（158 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 50 mM CHES；pH 9.5；50 mM CHES
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；5 ul of sample were applied to grids for 1 minute, blotted for 2.5 seconds then plunge-frozen in liquid ethane using an FEI Vitrobot
分辨率 12.50 Å
2PIL Crystallographic Structure of Phosphorylated Pilin from Neisseria: Phosphoserine Sites Modify Type IV Pilus Surface Chemistry 提交 1998-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 8–165（158 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PT PLATINUM (II) ION × 1 HTO HEPTANE-1,2,3-TRIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% PEG400, 50 MM CHESS, PH 8.0, 1% BETA-OCTYL GLUCOSIDE, 0.6% 1,2,3-HEPTANETRIOL.
分辨率 2.60 Å
5VXX Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus 提交 2017-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 A 8–165（158 aa）
链 B 8–165（158 aa）
链 C 8–165（158 aa）
链 D 8–165（158 aa）
链 E 8–165（158 aa）
链 F 8–165（158 aa）
链 G 8–165（158 aa）
链 H 8–165（158 aa）
链 I 8–165（158 aa）
链 J 8–165（158 aa）
链 K 8–165（158 aa）
链 L 8–165（158 aa）
链 M 8–165（158 aa）
链 N 8–165（158 aa）
链 O 8–165（158 aa）
链 P 8–165（158 aa）
链 Q 8–165（158 aa）
链 R 8–165（158 aa）
链 S 8–165（158 aa）
链 T 8–165（158 aa）
链 U 8–165（158 aa）
突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T 突变：P69S, S71T OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FMM1_NEIGO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 8–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ay2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ay2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ay2
沉积日期 deposition_date1997-11-13
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE FIBER-FORMING PROTEIN PILIN AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywordsTYPE IV PILIN, FIBER-FORMING PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN, DNA INDING PROTEIN, CONTRACTILE PROTEIN, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.60 Å
零角强度 I(0) i06107940.00
分子量 molecular_weight17881.0 kDa
排除体积 excluded_volume22258 ų
包络体积 envelope_volume27590 ų
水化壳体积 shell_volume13154 ų
包络直径 envelope_diameter94.2 Å
壳层 Rg shell_rg23.30 Å
包络 Rg envelope_rg24.80 Å
形状 Rg shape_rg21.45 Å
总 Rg total_rg22.29 Å
总原子数 total_atoms1244
残基数 n_residues158
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.8 Å
Rg (实空间) rg_real17.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.11 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7340e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8040e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6107000.0000
解质量估计 total_estimate0.6780
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.7 Å
偏度 Skewness skewness0.420
峰度 Kurtosis kurtosis-0.232
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.0430
最高正则化参数 α highest_alpha832200.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.041; Oscil: 0.952; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ay2a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.24 — Pili subunits
超家族 Superfamily superfamilyd.24.1 — Pili subunits
家族 Family familyd.24.1.1 — Pilin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ay2A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)