2hil

Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 218.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hil
沉积日期 deposition_date	2006-06-29
结构标题 title	Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy
关键词 keywords	TYPE IV PILI, virulence factors, DNA binding protein, natural transformation, antigenic variation, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.09 Å
零角强度 I(0) i0	1476090000.00
分子量 molecular_weight	318710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	398470 Å³
包络体积 envelope_volume	521450 Å³
水化壳体积 shell_volume	80566 Å³
包络直径 envelope_diameter	263.7 Å
壳层 Rg shell_rg	50.93 Å
包络 Rg envelope_rg	62.57 Å
形状 Rg shape_rg	61.08 Å
总 Rg total_rg	60.87 Å
总原子数 total_atoms	22374
残基数 n_residues	2826
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.8 Å
Rg (实空间) rg_real	60.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4750e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1471000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6953
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.758
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.067
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0015
最高正则化参数 α highest_alpha	1379000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.266; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.739; Smooth: 0.501

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	12.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	12.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	IHRSR
颗粒数 num_particles	25000

描述 description	Fimbrial protein
分子量 formula_weight	17210.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

Structure of the Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus filament from x-ray crystallography and electron cryomicroscopy

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 branched

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	22374

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2,4-bisacetamido-2,4-dideoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

描述 description	PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER
分子量 formula_weight	141.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

fit	/app/data/saxs_computation/hi/2hil/2hil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/2hil/2hil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/2hil/2hil.dat