1azl

G61V FLAVODOXIN MUTANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 48.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVODOXIN

Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–148	突变：G61V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：macroseeding；pH 7；PROTEIN SEED CRYSTALS WERE OBTAINED FROM 60-70% AMMONIUM SULFATE, 10MM TRIS PH 7.0, 1-2% ACETONE. MACROSEEDS WERE TRANSFERRED TO THE ABOVE SOLUTION WITH NO ACETONE PRESENT., macroseeding	分辨率 1.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AZL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKQ D95A OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-03-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60-70% A.S., 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1AKR G61A OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.58 Å
1AKT G61N OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1AKU D95A HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	SO4 SULFATE ION × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1AKV D95A SEMIQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	SO4 SULFATE ION × 4 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1AKW G61L OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61L	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.194
1BU5 X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) APOFLAVODOXIN-RIBOFLAVIN COMPLEX 提交 1998-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链未唯一映射参考区间未声明链 A 2–148（147 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 RBF RIBOFLAVIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM TRIALS WITH AMMONIUM SULPHATE IN THE CONCENTRATION RANGE 60-80% SATURATION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 8.0 CONTAINING 1MM EDTA WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10-15MG/ML. CRYSTALS APPEAR OVER 1-3 DAYS., pH 7.0	分辨率 1.83 Å R-free 0.202
1C7E D95E HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；70-73% A.S., 210MM TRIS-HCL, 200MM SODIUM ACETATE PH=8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.297
1C7E D95E HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–148（147 aa）	突变：D95E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；70-73% A.S., 210MM TRIS-HCL, 200MM SODIUM ACETATE PH=8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.297
1C7F D95E OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：YES	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；70-70% A.S. 210MM TRIS-HCL PH=6.5, 200MM SODIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1C7F D95E OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–148（147 aa）	突变：YES	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；70-70% A.S. 210MM TRIS-HCL PH=6.5, 200MM SODIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1F4P Y98W FLAVODOXIN MUTANT 1.5A (D. VULGARIS) 提交 2000-06-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；292 K；Ammonium Sulfate, Tris Buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.K	分辨率 1.30 Å R-free 0.169
1FX1 A CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURAL STUDY OF THE OXIDATION STATES OF DESULFOVIBRIO VULGARIS FLAVODOXIN 提交 1984-10-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1I1O ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE FLAVODOXIN D. VULGARIS MUTANT Y98H AT 2.0 ANG. RESOLUTION 提交 2001-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）片段：MAIN CHAIN	突变：Y98H	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；3.2 M Ammonium Sulfate, Tris.buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å
1J8Q Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris Wild-type at 1.35 Angstrom Resolution 提交 2001-05-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Ammonium Sulphate, Tris HCl Buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
1J9E Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris S35C Mutant at 1.44 Angstrom Resolution 提交 2001-05-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S35C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Ammonium sulphate, tris-HCl buffer, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.44 Å R-free 0.156
1J9G Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris S64C Mutant, monomer oxidised, at 2.4 Angstrom Resolution 提交 2001-05-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Ammonium Sulphate, Tris HCl Buffer, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
1WSB Flavodoxin mutant- S64C 提交 2004-11-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.249
1WSW Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, dimer, semiquinone state 提交 2004-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.69 Å R-free 0.245
1XT6 S35C Flavodoxin Mutant in the semiquinone state 提交 2004-10-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S35C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop, vapor diffusion；pH 7；298 K；3.2M ammonium sulfate, pH 7, sitting drop, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.261
1XYV Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, monomer, semiquinone state 提交 2004-11-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.79 Å R-free 0.237
1XYY Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, homodimer, oxidised state 提交 2004-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.253
2FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
3FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
4FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
5FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
5TGZ Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 99-306,UNP RESIDUES 2-148,UNP RESIDUES 332-414	突变：T210A, E273K, T283V,P1002A, Y1098W,R340E	ZDG 4-[4-[2-(2,4-dichlorophenyl)-4-methyl-5-(piperidin-1-ylcarbamoyl)pyrazol-3-yl]phenyl]but-3-ynyl nitrate × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 OLA OLEIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.1M HEPES pH 7.0-7.4, 100mM (NH4)2HPO4, 25%-32% PEG 400, 2-20 mM Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dehydrate (EDTA)	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
5V56 2.9A XFEL structure of the multi-domain human smoothened receptor (with E194M mutation) in complex with TC114 提交 2017-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558 链 B 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558	突变：E194E, P2A, Y98W 突变：E194E, P2A, Y98W	836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG400, 50-200 mM Ammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.239
5V57 3.0A SYN structure of the multi-domain human smoothened receptor in complex with TC114 提交 2017-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558 链 B 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558	突变：P2A, Y98W 突变：P2A, Y98W	836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG 400, 50-200 mM Ammonium nitrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.240
5XR8 Crystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM841 提交 2017-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）片段：;UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414,UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414,UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414 ;	突变：T210A,E273K,T283V,Y1098W,R340E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8D0 (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.2；293 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.2, 120 mM C6H5Na3O7, 30% PEG400 and 100 mM Glycine	分辨率 2.95 Å R-free 0.274
5XRA Crystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM11542 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）片段：UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414	突变：T210A, E273K, T283V,Y1098W,R340E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8D3 (6aR,10aR)-3-(8-bromanyl-2-methyl-octan-2-yl)-6,6,9-trimethyl-6a,7,10,10a-tetrahydrobenzo[c]chromen-1-ol × 1 OLA OLEIC ACID × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 300-350 mM C4H4KNaO6, 30% PEG400	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
5YOB Crystal Structure of flavodoxin without engineered disulfide bond 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfate 3.2M	分辨率 1.14 Å R-free 0.177
5YOC Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond C102-R125C 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：R125C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfa 3.1M	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
5YOE Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond A43C-L74C 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A43C, L74C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfate 3.2M	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
5YOG Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond N14C-C93 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：N14C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；Tris-HCL buffer, pH 7.3 Ammonium Sulfate 3.1M	分辨率 1.42 Å R-free 0.180
5ZKP Crystal structure of the human platelet-activating factor receptor in complex with SR 27417 提交 2018-03-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：F116Y, N169D,P2A, Y98W,A230D, V234A, D289N	9ER N1,N1-dimethyl-N2-[(pyridin-3-yl)methyl]-N2-{4-[2,4,6-tri(propan-2-yl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}ethane-1,2-diamine × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；HEPES, PEG 400, NaSCN, Na citrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.259
6LI0 Crystal structure of GPR52 in complex with agonist c17 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A130W,Y1098W,A264L,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.13-0.18 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate PH5.0, 32-35% PEG400	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6LI1 Crystal structure of GPR52 ligand free form with flavodoxin fusion 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A130W,Y1098W,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.1 M potassium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, and 30% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
7DDZ The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028 提交 2020-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	H46 ~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 250-350 mM (NH4)2SO4, and 20-30% PEG500DME, or 0.1 M MES, pH 6.0-6.5, 380-420 mM NH4 tartrate, and 24-26% PEG500DME	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
7K15 Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046 提交 2020-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	VRJ N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLA OLEIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.8；293 K；sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.8, sodium acetate trihydrate, benzamidine hydrochloride, PEG-400, MK-D-046, DMSO	分辨率 2.88 Å R-free 0.261
7V3Z Structure of cannabinoid receptor type 1(CB1) 提交 2021-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：H154L,T210A,E273K,T283V,Y1098W,R340E	9GF 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.2；293.15 K；30% PEG400, 100 mM HEPES sodium pH 7.2, 80-100mM sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.29 Å R-free 0.276

共 39 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–147； UniProt 2–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1azl
沉积日期 deposition_date	1997-11-18
结构标题 title	G61V FLAVODOXIN MUTANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, ELECTRON TRANSFER, FLAVOPROTEIN, FMN, FLAVODOXIN, MUTANT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.12 Å
零角强度 I(0) i0	5530850.00
分子量 molecular_weight	16172.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19849 Å³
包络体积 envelope_volume	22119 Å³
水化壳体积 shell_volume	13132 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.14 Å
包络 Rg envelope_rg	14.41 Å
形状 Rg shape_rg	14.14 Å
总 Rg total_rg	15.17 Å
总原子数 total_atoms	1138
残基数 n_residues	147
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5310e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1740e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5531000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	941700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FLAVODOXIN
分子量 formula_weight	15746.2 kDa
突变 mutation	G61V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1264

PKALIVYGSTTGNTEYTAETIARELADAGYEVDSRDAASVEAGGLFEGFDLVLLGCSTWVDDSIELQDDFIPLFDSLEETGAQGRKVACFGCGDSSYEYFCGAVDAIEEKLKNLGAEIVQDGLRIDGDPRAARDDIVGWAHDVRGAI

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1azla_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.1 — Flavodoxin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1azlA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	56.490 Å
晶胞边长 b length_b	88.140 Å
晶胞边长 c length_c	35.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1750
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/az/1azl/1azl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/az/1azl/1azl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/az/1azl/1azl.dat