SAXSdb — 1b01

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

Streptococcus agalactiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–45 链 B； UniProt 1–45	片段：DNA-BINDING PROTEIN	;DNA (5'-D(CPCPCPGPTPGPCPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(GPAPTPTPGPCPAPTPTPGPAPGPTPGPCPAPCPGPG)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；MPD, HEPES, pH 6.70, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.56 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B01	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EA4 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX 提交 2000-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：32-meric	链 A 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 B 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 D 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 E 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 F 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 G 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 H 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 J 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 K 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 L 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；MPD, NACL, NAACO, pH 4.60	分辨率 2.95 Å R-free 0.307
1EA4 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX 提交 2000-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 E 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 F 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 G 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；MPD, NACL, NAACO, pH 4.60	分辨率 2.95 Å R-free 0.307
1EA4 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX 提交 2000-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 H 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 J 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 K 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 L 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；MPD, NACL, NAACO, pH 4.60	分辨率 2.95 Å R-free 0.307
1EA4 TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX 提交 2000-11-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 B 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；MPD, NACL, NAACO, pH 4.60	分辨率 2.95 Å R-free 0.307
2CPG TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG 提交 1999-11-15	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN 链 B 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；72% MPD, 0.1 M HEPES PH 6.7, 3% BENZAMIDINE	分辨率 1.60 Å R-free 0.277
2CPG TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG 提交 1999-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–45（45 aa）片段：DNA-BINDING PROTEIN	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.7；72% MPD, 0.1 M HEPES PH 6.7, 3% BENZAMIDINE	分辨率 1.60 Å R-free 0.277

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COPG_STRAG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45 作者链 B； PDB构建体 1–45； UniProt 1–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b01
沉积日期 deposition_date	1999-11-15
结构标题 title	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/DNA COMPLEX
关键词 keywords	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR, DNA-BINDING PROTEIN, PLASMID, PROTEIN-DNA COMPLEX, GENE REGULATION/DNA, GENE REGULATION-DNA complex; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.73 Å
零角强度 I(0) i0	6798420.00
分子量 molecular_weight	15431.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17829 Å³
包络体积 envelope_volume	20991 Å³
水化壳体积 shell_volume	12363 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.1 Å
壳层 Rg shell_rg	20.06 Å
包络 Rg envelope_rg	14.94 Å
形状 Rg shape_rg	14.66 Å
总 Rg total_rg	15.75 Å
总原子数 total_atoms	1052
残基数 n_residues	105
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6798000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9012
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	620300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPCPGPTPGPCPAPCPTPCPAPAPTPGPCPAPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5749.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	1450

CCCGTGCACTCAATGCAAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPAPTPTPGPCPAPTPTPGPAPGPTPGPCPAPCPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5900.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GATTGCATTGAGTGCACGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
分子量 formula_weight	5124.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MKKRLTITLSESVLENLEKMAREMGLSKSAMISVALENYKKGQEK

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus agalactiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1311
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b01a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d1b01b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1b01A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	1b01B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	40.300 Å
晶胞边长 b length_b	40.300 Å
晶胞边长 c length_c	221.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 2 2
空间群编号 int_tables_number	95
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.560 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.3160

fit	/app/data/saxs_computation/b0/1b01/1b01.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/1b01/1b01.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/1b01/1b01.dat

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)