1b12

CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1 PHOSPHATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 77–324 作者链 B； PDB构建体 1–248； UniProt 77–324 作者链 C； PDB构建体 1–248； UniProt 77–324 作者链 D； PDB构建体 1–248； UniProt 77–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b12
沉积日期 deposition_date	1999-11-24
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR
关键词 keywords	;SERINE PROTEINASE, SERINE-DEPENDANT HYDROLASE, SIGNAL PEPTIDE PROCESSING, PROTEIN TRANSLOCATION, MEMBRANE BOUND PROTEINASE, MEMBRANE PROTEIN, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1b12__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1b12__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1b12__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.86 Å
Rg（电子密度）	19.08 Å
总 Rg	20.00 Å
原子数	1907
残基数	239
排除体积	33925 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1b12__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1b12__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1b12__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1b12__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SIGNAL PEPTIDASE I
分子量 formula_weight	27835.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.89
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7646

VRSFIYEPFQIPSGSMMPTLLIGDFILVEKFAYGIKDPIYQKTLIETGHPKRGDIVVFKYPEDPKLDYIKRAVGLPGDKVTYDPVSKELTIQPGCSSGQACENALPVTYSNVEPSDFVQTFSRRNGGEATSGFFEVPKNETKENGIRLSERKETLGDVTHRILTVPIAQDQVGMYYQQPGQQLATWIVPPGQYFMMGDNRDNSADSRYWGFVPEANLVGRATAIWMSFDKQEGEWPTGLRLSRIGGIH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	prop-2-en-1-yl (2S)-2-[(2S,3R)-3-(acetyloxy)-1-oxobutan-2-yl]-2,3-dihydro-1,3-thiazole-4-carboxylate
分子量 formula_weight	299.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	448

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1b12a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d1b12b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d1b12c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d1b12d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1b12A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1b12A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1b12B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1b12B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1b12C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1b12C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1b12D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1b12D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	110.700 Å
晶胞边长 b length_b	113.200 Å
晶胞边长 c length_c	99.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	19.500 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2200
R_free r_free	0.2460

CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b12__assembly_1__model_1

1b12__assembly_1__model_1 | I(q)

1b12__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b12__assembly_1__model_1

1b12__assembly_1__model_1 | I(q)

1b12__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)