1b1z

STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TOXIN)

Streptococcus pyogenes

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 33–251 链 B； UniProt 33–251 链 C； UniProt 33–251 链 D； UniProt 33–251	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；PEG 8K 17%, AMMONIUM SULPHATE 0.2 M, PH 6.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B1Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FNU STRUCTURE OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A 提交 2000-08-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–221（221 aa）链 B 1–221（221 aa）链 C 1–221（221 aa）链 D 1–221（221 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；0.25 M LiCl, 5-20 mM CdCL2, 4-20% PEG 8000, 50 mM Na acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.94 Å R-free 0.281
1FNV STRUCTURE OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A 提交 2000-08-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–221（221 aa）链 B 1–221（221 aa）链 C 1–221（221 aa）链 D 1–221（221 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.25-1 M LiCl, 5-20 mM CdCl2, 4-20% PEG8000, 50 mM Na acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.60 Å R-free 0.304
1FNW CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A 提交 2000-08-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–221（221 aa）链 B 1–221（221 aa）链 C 1–221（221 aa）链 D 1–221（221 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.25-1 M LiCl, 5-20 mM CdCl2, 4-20% PEG8000, 50 mM Na acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.90 Å R-free 0.305
1FNW CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A 提交 2000-08-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–221（221 aa）链 F 1–221（221 aa）链 G 1–221（221 aa）链 H 1–221（221 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.25-1 M LiCl, 5-20 mM CdCl2, 4-20% PEG8000, 50 mM Na acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.90 Å R-free 0.305

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPEA_STRPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 33–251 作者链 B； PDB构建体 1–219； UniProt 33–251 作者链 C； PDB构建体 1–219； UniProt 33–251 作者链 D； PDB构建体 1–219； UniProt 33–251

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b1z
沉积日期 deposition_date	1998-11-24
结构标题 title	STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A1
关键词 keywords	SUPERANTIGEN, ZINC BINDING, PYROGENIC EXOTOXIN, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.03 Å
零角强度 I(0) i0	150418000.00
分子量 molecular_weight	99494.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125140 Å³
包络体积 envelope_volume	151640 Å³
水化壳体积 shell_volume	41680 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.78 Å
包络 Rg envelope_rg	29.90 Å
形状 Rg shape_rg	30.01 Å
总 Rg total_rg	30.77 Å
总原子数 total_atoms	7027
残基数 n_residues	872
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8949
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.193
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	25000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1b1za1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1za2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b1zd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family family	d.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1b1zA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1b1zA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	1b1zB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1b1zB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	1b1zC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1b1zC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	1b1zD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1b1zD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.400 Å
晶胞边长 b length_b	101.000 Å
晶胞边长 c length_c	81.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2740

描述 description	PROTEIN (TOXIN)
分子量 formula_weight	25563.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7114

STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TOXIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Streptococcus pyogenes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

fit	/app/data/saxs_computation/b1/1b1z/1b1z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b1/1b1z/1b1z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b1/1b1z/1b1z.dat