SAXSdb — 1b35

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC（240）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 636–895 链 B； UniProt 8–243 链 C； UniProt 341–622 链 D； UniProt 284–340	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；VIRUS STORED AT 10MG/ML IN 200MM NAH2PO4, PH7.2. WELL SOLUTION CONSISTED OF 8% (W/V) MPEG 5K, 50MM LI2SO4, 50MM MES, PH6.0.	分辨率 2.40 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CRPV
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–260； UniProt 636–895 作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 8–243 作者链 C； PDB构建体 1–282； UniProt 341–622 作者链 D； PDB构建体 1–57； UniProt 284–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b35
沉积日期 deposition_date	1998-12-17
结构标题 title	CRICKET PARALYSIS VIRUS (CRPV)
关键词 keywords	INSECT PICORNA-LIKE VIRUS, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.53 Å
零角强度 I(0) i0	143316000.00
分子量 molecular_weight	95312.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119220 Å³
包络体积 envelope_volume	172000 Å³
水化壳体积 shell_volume	42937 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.15 Å
包络 Rg envelope_rg	36.03 Å
形状 Rg shape_rg	33.52 Å
总 Rg total_rg	34.04 Å
总原子数 total_atoms	6714
残基数 n_residues	854
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8132
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.011
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.758; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)
分子量 formula_weight	28853.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6892

VMGEDQQIPRNEAQHGVHPISIDTHRISNNWSPQAMCIGEKVVSIRQLIKRFGIFGDANTLQADGSSFVVAPFTVTSPTKTLTSTRNYTQFDYYYYLYAFWRGSMRIKMVAETQDGTGTPRKKTNFTWFVRMFNSLQDSFNSLISTSSSAVTTTVLPSGTINMGPSTQVIDPTVEGLIEVEVPYYNISHITPAVTIDDGTPSMEDYLKGHSPPCLLTFSPRDSISATNHIITASFMRALGDDFSFMYLLGVPPLVNVARA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP2)
分子量 formula_weight	28709.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ENSHIENEDKRLTSEQKEIVHFVSEGVTPSTTALPDIVNLSTNYLDKNTREDRIHSIKDFLSRPIIIATNLWSVSDPVEKQLYTANFPEVLISNAMYQDKLKGFVGLRATLVVKVQVNSQPFQQGRLMLQYIPYAQYMPNRVTLINETLQGRSGCPRTDLELSVGTEVEMRIPYVSPHLYYNLITGQGSFGSIYVVVYSQLHDQVSGTGSIEYTVWAHLEDVDVQYPTGANIFTGNEAYIKGTSRYDAAQKAHAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP3)
分子量 formula_weight	31917.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SKPTVQGKIGECKLRGQGRMANFDGMDMSHKMALSSTNEIETNEGLAGTSLDVMDLSRVLSIPNYWDRFTWKTSDVINTVLWDNYVSPFKVKPYSATITDRFRCTHMGKVANAFTYWRGSMVYTFKFVKTQYHSGRLRISFIPYYYNTTISTGTPDVSRTQKIVVDLRTSTAVSFTVPYIGSRPWLYCIRPESSWLSKDNTDGALMYNCVSGIVRVEVLNQLVAAQNVFSEIDVICEVNGGPDLEFAGPTCPRYVPYAGDFTLADTRKIEAERTQEYSNNED

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP4)
分子量 formula_weight	5932.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AASELKQLETNNSPSTALGQISEGLTTLSHIPVLGNIFSTPAWISAKAADLAKLFGF

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	178

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1b35.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1b35a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1b35b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b35A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1b35B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1b35C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1b35D00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	690 — Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cricket Paralysis Virus, Vp4; Chain D

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	330.000 Å
晶胞边长 b length_b	334.000 Å
晶胞边长 c length_c	395.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/b3/1b35/1b35.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/1b35/1b35.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/1b35/1b35.dat

CRICKET PARALYSIS VIRUS (CRPV)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CRICKET PARALYSIS VIRUS, VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)