SAXSdb — 1b3l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–542	未记录	PROTEIN (LYS-GLY-LYS) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–542	未记录	PROTEIN (LYS-GLY-LYS) × 1 IUM URANYL (VI) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B05 Structure of oligo-peptide binding protein complexed with LYS-CYS-LYS 提交 1998-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1B1H OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN/TRIPEPTIDE (LYS HPE LYS) COMPLEX 提交 1998-11-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
1B2H Oligo-Peptide Binding Protein Complexed with Lysyl-Ornithyl-Lysine 提交 1998-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1B32 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KMK 提交 1998-12-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8 ACT ACETATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1B3F OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KHK 提交 1998-12-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
1B3G OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KIK 提交 1998-12-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
1B3H OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH LYSYL-CYCLOHEXYLALANYL-LYSINE 提交 1998-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1B40 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KFK 提交 1998-11-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
1B46 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KPK 提交 1999-01-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8 ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
1B4Z OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KDK 提交 1999-01-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1B51 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KSK 提交 1999-01-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
1B52 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KTK 提交 1999-01-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1B58 OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KYK 提交 1999-01-12	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
1B5H OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH LYSYL-DIAMINOPROPANOIC ACID-LYSINE 提交 1998-11-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
1B5I OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KNK 提交 1999-01-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
1B5J OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KQK 提交 1999-01-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1B6H OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH LYSYL-NORVALYL-LYSINE 提交 1998-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–543（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
1B7H OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH LYSYL-NORLEUCYL-LYSINE 提交 1998-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–543（517 aa）	未记录	U1 URANIUM ATOM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1B9J OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KLK 提交 1999-02-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
1JET OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KAK 提交 1996-07-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.20 Å R-free 0.255
1JEU OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KEK 提交 1996-07-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.252
1JEV OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KWK 提交 1996-07-03	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.226
1OLA THE STRUCTURAL BASIS OF MULTISPECIFICITY IN THE OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN OPPA 提交 1994-04-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1OLC OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH LYS-LYS-LYS-ALA 提交 1995-09-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.197
1QKA OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KRK 提交 1999-07-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1QKB OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KVK 提交 1999-07-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8 ACT ACETATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
1RKM STRUCTURE OF OPPA 提交 1997-03-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；3M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M NACL AND 20MG/ML OPPA	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
2OLB OLIGOPEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH TRI-LYSINE 提交 1995-09-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	IUM URANYL (VI) ION × 8 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.40 Å
2RKM STRUCTURE OF OPPA COMPLEXED WITH LYS-LYS 提交 1997-03-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–542（517 aa）	未记录	LYS LYSINE × 2 IUM URANYL (VI) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；7% PEG 4K, 50MM SODIUM ACETATE PH5.5, 1MM URANYL ACETATE AND 30MG/ML OPPA	分辨率 1.80 Å R-free 0.219

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPPA_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–517； UniProt 26–542 作者链 C； PDB构建体 1–517； UniProt 26–542

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b3l
沉积日期 deposition_date	1998-12-14
结构标题 title	OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KGK
关键词 keywords	COMPLEX (PEPTIDE TRANSPORT-PEPTIDE), PEPTIDE TRANSPORT, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.80 Å
零角强度 I(0) i0	202868000.00
分子量 molecular_weight	118510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148890 Å³
包络体积 envelope_volume	187340 Å³
水化壳体积 shell_volume	39789 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.4 Å
壳层 Rg shell_rg	43.98 Å
包络 Rg envelope_rg	40.31 Å
形状 Rg shape_rg	40.75 Å
总 Rg total_rg	41.12 Å
总原子数 total_atoms	8377
残基数 n_residues	1040
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.0 Å
Rg (实空间) rg_real	40.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	202800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7626
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.805
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.555; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.494; Smooth: 0.750

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
分子量 formula_weight	58879.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8730

ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (LYS-GLY-LYS)
分子量 formula_weight	333.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KGK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	URANYL (VI) ION
分子量 formula_weight	270.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	339

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b3la_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

结构域编号 domain_id	d1b3lc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1b3lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1b3lA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	76 — Dipeptide-binding Protein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 1

结构域编号 domain_id	1b3lA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	105 — Dipeptide-binding Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 3

结构域编号 domain_id	1b3lC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1b3lC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	76 — Dipeptide-binding Protein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 1

结构域编号 domain_id	1b3lC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	105 — Dipeptide-binding Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dipeptide-binding Protein; Domain 3

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	69.910 Å
晶胞边长 b length_b	74.800 Å
晶胞边长 c length_c	103.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/b3/1b3l/1b3l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/1b3l/1b3l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/1b3l/1b3l.dat

OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KGK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)