SAXSdb — 1b4l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–153	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B4L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B4T H48C YEAST CU(II)/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-23	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	突变：H48C	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1F18 Crystal structure of yeast copper-zinc superoxide dismutase mutant GLY85ARG 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–153（154 aa）	突变：G85R	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；275 K；Ammonium Sulfate, Tris-HCl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 275K	分辨率 1.70 Å R-free 0.234
1F1A Crystal structure of yeast H48Q cuznsod fals mutant analog 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–153（154 aa）	突变：H48Q	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；277 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.233
1F1D Crystal structure of yeast H46C cuznsod mutant 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–153（154 aa）	突变：H46C	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-HCl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.278
1F1G Crystal structure of yeast cuznsod exposed to nitric oxide 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–153（154 aa）链 B 0–153（154 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å
1F1G Crystal structure of yeast cuznsod exposed to nitric oxide 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 0–153（154 aa）链 D 0–153（154 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å
1F1G Crystal structure of yeast cuznsod exposed to nitric oxide 提交 2000-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 0–153（154 aa）链 F 0–153（154 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；298 K；ammonium sulfate, Tris-Hcl, NaCl, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å
1JCV REDUCED BRIDGE-BROKEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE LOW TEMPERATURE (-180C) STRUCTURE 提交 1995-12-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	突变：H48F	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–153（153 aa）	突变：H48F	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）链 C 1–153（153 aa）	突变：H48F 突变：H48F	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1JK9 Heterodimer between H48F-ySOD1 and yCCS 提交 2001-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）链 C 1–153（153 aa）	突变：H48F 突变：H48F	ZN ZINC ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；MES, ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
1SDY STRUCTURE SOLUTION AND MOLECULAR DYNAMICS REFINEMENT OF THE YEAST CU,ZN ENZYME SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1991-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–153（153 aa）链 B 1–153（153 aa）链 C 1–153（153 aa）链 D 1–153（153 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1YAZ AZIDE-BOUND YEAST CU(II)/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 AZI AZIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
1YSO YEAST CU, ZN SUPEROXIDE DISMUTASE WITH THE REDUCED BRIDGE BROKEN 提交 1995-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.73 Å
2JCW REDUCED BRIDGE-BROKEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE 提交 1998-12-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–153（153 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SODC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–153； UniProt 1–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b4l
沉积日期 deposition_date	1998-12-22
结构标题 title	15 ATMOSPHERE OXYGEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE
关键词 keywords	SUPEROXIDE ACCEPTOR, COPPER, ZINC, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.25 Å
零角强度 I(0) i0	5524680.00
分子量 molecular_weight	15847.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19391 Å³
包络体积 envelope_volume	21707 Å³
水化壳体积 shell_volume	12859 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.8 Å
壳层 Rg shell_rg	20.10 Å
包络 Rg envelope_rg	14.62 Å
形状 Rg shape_rg	14.25 Å
总 Rg total_rg	15.36 Å
总原子数 total_atoms	1108
残基数 n_residues	153
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.2 Å
Rg (实空间) rg_real	15.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5525000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8877
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.422
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	725300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE)
分子量 formula_weight	15743.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1224

VQAVAVLKGDAGVSGVVKFEQASESEPTTVSYEIAGNSPNAERGFHIHEFGDATNGCVSAGPHFNPFKKTHGAPTDEVRHVGDMGNVKTDENGVAKGSFKDSLIKLIGPTSVVGRSVVIHAGQDDLGKGDTEESLKTGNAGPRPACGVIGLTN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1b4la_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1b4lA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	118.900 Å
晶胞边长 b length_b	118.900 Å
晶胞边长 c length_c	75.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2540

fit	/app/data/saxs_computation/b4/1b4l/1b4l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/1b4l/1b4l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/1b4l/1b4l.dat

15 ATMOSPHERE OXYGEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction