SAXSdb — 1b4s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

Dictyostelium discoideum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155 链 B； UniProt 1–155 链 C； UniProt 1–155	突变：H122G	PO4 PHOSPHATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B4S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B99 3'-FLUORO-URIDINE DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1999-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 B 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 C 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 D 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 E 1–155（155 aa）片段：HEXAMER 链 F 1–155（155 aa）片段：HEXAMER	未记录	FUP 2',3'-DIDEOXY-3'-FLUORO-URIDIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.304
1BUX 3'-PHOSPHORYLATED NUCLEOTIDES BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1998-09-07	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	PPS 3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-PHOSPHATE SULFATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.312
1F3F STRUCTURE OF THE H122G NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / D4T-TRIPHOSPHATE.MG COMPLEX 提交 2000-06-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	MG MAGNESIUM ION × 6 D4T 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 2 D4D 2',3'-DEHYDRO-2',3'-DEOXY-THYMIDINE 5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.234
1F6T STRUCTURE OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE/ALPHA-BORANO(RP)-TDP.MG COMPLEX 提交 2000-06-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 TBD 2-DEOXY-THYMIDINE-5-ALPHA BORANO DIPHOSPHATE (ISOMER RP) × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 1.92 Å R-free 0.274
1HHQ Role of active site resiude Lys16 in Nucleoside Diphosphate Kinase 提交 2000-12-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH7.5, 1 M AS, 20MM MGCL2 IN WELL: 2M AS, 50MM TRISHCL PH7.5, 20MM MGCL2, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.255
1HIY Binding of nucleotides to NDP kinase 提交 2001-01-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	3AN 3'-DEOXY 3'-AMINO ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；METHOD: HANGING DROP IN DROP: 5MG/ML PROTEIN, 50 MM TRIS HCL PH8.5, 8.5MM 3'-AMINO-ADP,15-16% PEG550, 20MM MGCL2 IN WELL: 30-32% PEG550, 50MM TRISHCL PH8.5., pH 8.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.325
1HLW STRUCTURE OF THE H122A MUTANT OF THE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 2000-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	突变：H122A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；PEG 600, Magnesium Chloride, Tris Hydrochloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 1.90 Å R-free 0.208
1KDN STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-09-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.179
1LEO P100S NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1996-05-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 6–155（150 aa）	突变：P100S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1LWX AZT DIPHOSPHATE BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1997-04-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：N119A 突变：N119A 突变：N119A	MG MAGNESIUM ION × 4 AZD 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
1MN7 NDP kinase mutant (H122G;N119S;F64W) in complex with aBAZTTP 提交 2002-09-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）	突变：H122G N119S F64W 突变：H122G N119S F64W	MG MAGNESIUM ION × 6 ABT 3'-AZIDO-3'-DEOXY-THYMIDINE-5'-ALPHA BORANO TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG550, mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.15 Å R-free 0.295
1MN9 NDP kinase mutant (H122G) complex with RTP 提交 2002-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	MG MAGNESIUM ION × 6 RTP RIBAVIRIN TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 550, Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
1NCL THERMAL STABILITY OF HEXAMERIC AND TETRAMERIC NUCLEOSIDE, DIPHOSPHATE KINASES 提交 1996-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 6–155（150 aa）	突变：P105G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NDC X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE COMPLEXED WITH DTDP AND MG2+ AT 2 A RESOLUTION 提交 1994-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 TYD THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1NDK X-RAY STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1993-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NDP ADENOSINE 5'-DIPHOSPHATE BINDING AND THE ACTIVE SITE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE 提交 1993-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NPK REFINED X-RAY STRUCTURE OF DICTYOSTELIUM NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AT 1,8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-07-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–155（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1NSP MECHANISM OF PHOSPHATE TRANSFER BY NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE: X-RAY STRUCTURES OF A PHOSPHO-HISTIDINE INTERMEDIATE OF THE ENZYMES FROM DROSOPHILA AND DICTYOSTELIUM 提交 1995-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PAE nucleoside diphosphate kinase 提交 2003-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 X 1–155（155 aa）	突变：H122C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 6000, magnesium chloride,Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
1S5Z NDP kinase in complex with adenosine phosphonoacetic acid 提交 2004-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	未记录	SON ADENOSINE PHOSPHONOACETIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
2BEF CRYSTAL STRUCTURE OF NDP KINASE COMPLEXED WITH MG, ADP, AND BEF3 提交 1998-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；HANGING DROP, SEEDING, 32% PEG550, 50MM TRIS PH 7.5, 20MM MGCL2, 25MM NAF, 1MM BECL2	分辨率 2.30 Å
3FKB Structure of NDPK H122G and tenofovir-diphosphate 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G 突变：H122G	TNM [(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-phosphonooxy-phosphinic acid × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 TNV [2-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-1-METHYLETHOXY]METHYL-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；25% PEG 1000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.205
4C6A High Resolution Structure of the Nucleoside diphosphate kinase 提交 2013-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–155（154 aa）	突变：YES	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；26% PEG 1000, 100MM TRIS PH7.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.172
4CP5 ndpK in complex with (Rp)-SPMPApp 提交 2014-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–155（155 aa）链 B 1–155（155 aa）链 C 1–155（155 aa）链 D 1–155（155 aa）链 E 1–155（155 aa）链 F 1–155（155 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	EOI [[(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 26% PEG 1000 100MM TRIS PH7.5	分辨率 2.32 Å R-free 0.246

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDKC_DICDI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 B； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 C； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b4s
沉积日期 deposition_date	1998-12-28
结构标题 title	STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE H122G MUTANT
关键词 keywords	TRANSFERASE, KINASE, ATP-BINDING, PHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.19 Å
零角强度 I(0) i0	41553300.00
分子量 molecular_weight	50097.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62788 Å³
包络体积 envelope_volume	71594 Å³
水化壳体积 shell_volume	24646 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.21 Å
包络 Rg envelope_rg	24.38 Å
形状 Rg shape_rg	24.21 Å
总 Rg total_rg	24.92 Å
总原子数 total_atoms	3522
残基数 n_residues	450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9122
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.682
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
分子量 formula_weight	16735.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.6
突变 mutation	H122G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3630

MSTNKVNKERTFLAVKPDGVARGLVGEIIARYEKKGFVLVGLKQLVPTKDLAESHYAEHKERPFFGGLVSFITSGPVVAMVFEGKGVVASARLMIGVTNPLASAPGSIRGDFGVDVGRNIIGGSDSVESANREIALWFKPEELLTEVKPNPNLYE

来源 Source

来源生物 organism	Dictyostelium discoideum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44689
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1b4sa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family family	d.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

结构域编号 domain_id	d1b4sb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family family	d.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

结构域编号 domain_id	d1b4sc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.6 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK
家族 Family family	d.58.6.1 — Nucleoside diphosphate kinase, NDK

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1b4sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain

结构域编号 domain_id	1b4sB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain

结构域编号 domain_id	1b4sC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	141 — Nucleoside diphosphate kinase-like domain

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	70.000 Å
晶胞边长 b length_b	70.000 Å
晶胞边长 c length_c	151.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.3050

fit	/app/data/saxs_computation/b4/1b4s/1b4s.fit
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STRUCTURE OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE H122G MUTANT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction