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1b5d

DCMP Hydroxymethylase from T4 (Intact)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)

物种未注明

UniProt P08773

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–246 链 B； UniProt 1–246 未记录 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.208
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–246 链 B； UniProt 1–246 未记录 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；pH 8.0 分辨率 2.20 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1B5D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B49 DCMP HYDROXYMETHYLASE FROM T4 (PHOSPHATE-BOUND) 提交 1999-01-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa）
链 C 1–246（246 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.202
1B5E DCMP HYDROXYMETHYLASE FROM T4 提交 1999-01-06 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–246（246 aa）
链 B 1–246（246 aa）
未记录 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.208
1B5E DCMP HYDROXYMETHYLASE FROM T4 提交 1999-01-06 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa）
链 B 1–246（246 aa）
未记录 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.208
6A9A Ternary complex crystal structure of dCH with dCMP and THF 提交 2018-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa）
突变：C148S, D179N IOD IODIDE ION × 2 DCM 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Tris-HCl pH 8.0, Sodium citrate
分辨率 1.90 Å R-free 0.187
6A9B T4 dCMP hydroxymethylase structure solved by I-SAD using a home source 提交 2018-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.96 M sodium citrate
分辨率 2.01 Å R-free 0.192
6L18 XFEL structure of T4dCH D179N mutant complex with natively expressed dTMP 提交 2019-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–246（246 aa）
突变：D179N TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 IOD IODIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 8.5；293 K；2 ul of 1.0 M Tris-HCl pH 8.5 2 ul of 1.0 M NaI 17 ul of C6H5Na3 2H2O 10 ul of 40mg/ml D179N mutant protein
分辨率 1.90 Å R-free 0.191

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCHM_BPT4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b5d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b5d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b5d
沉积日期 deposition_date1999-01-06
结构标题 titleDCMP Hydroxymethylase from T4 (Intact)
关键词 keywordsHYDROXYMETHYLASE, DNTP SYNTHESIZING COMPLEX, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.74 Å
零角强度 I(0) i054186800.00
分子量 molecular_weight57551.0 kDa
排除体积 excluded_volume71947 ų
包络体积 envelope_volume83465 ų
水化壳体积 shell_volume29669 ų
包络直径 envelope_diameter81.1 Å
壳层 Rg shell_rg30.92 Å
包络 Rg envelope_rg23.11 Å
形状 Rg shape_rg22.76 Å
总 Rg total_rg23.59 Å
总原子数 total_atoms4058
残基数 n_residues492
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.2 Å
Rg (实空间) rg_real23.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real5.4190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal54190000.0000
解质量估计 total_estimate0.7091
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.7 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.300
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18550000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1b5da_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamilyd.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family familyd.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
结构域编号 domain_idd1b5db_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamilyd.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family familyd.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1b5dA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain
结构域编号 domain_id1b5dB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)