SAXSdb — 1b5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE)

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–295 链 B； UniProt 21–295 链 C； UniProt 21–295	未记录	HG MERCURY (II) ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZP3 E. coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (oxidized) 提交 2005-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
1ZP3 E. coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (oxidized) 提交 2005-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
1ZP3 E. coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (oxidized) 提交 2005-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
1ZP4 Glu28Gln mutant of E. coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (oxidized) complex with Methyltetrahydrofolate 提交 2005-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	突变：E28Q 突变：E28Q 突变：E28Q	SO4 SULFATE ION × 2 C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 4 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.231
1ZPT Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (reduced) complexed with NADH, pH 7.25 提交 2005-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
1ZRQ Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (reduced) complexed with NADH, pH 6.0 提交 2005-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K, pH 6.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1ZRQ Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (reduced) complexed with NADH, pH 6.0 提交 2005-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K, pH 6.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1ZRQ Escherichia coli Methylenetetrahydrofolate Reductase (reduced) complexed with NADH, pH 6.0 提交 2005-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）链 C 1–296（296 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 6 NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；295 K；PEG 4000, LITHIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, ETHANOL, MESO-ERYTHRITOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K, pH 6.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	METF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 21–295 作者链 B； PDB构建体 1–275； UniProt 21–295 作者链 C； PDB构建体 1–275； UniProt 21–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b5t
沉积日期 deposition_date	1999-01-07
结构标题 title	ESCHERICHIA COLI METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE
关键词 keywords	BETA ALPHA BARREL, REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.23 Å
零角强度 I(0) i0	136458000.00
分子量 molecular_weight	91185.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112730 Å³
包络体积 envelope_volume	147520 Å³
水化壳体积 shell_volume	36169 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.27 Å
包络 Rg envelope_rg	34.01 Å
形状 Rg shape_rg	34.26 Å
总 Rg total_rg	34.58 Å
总原子数 total_atoms	6380
残基数 n_residues	816
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	136500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8865
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	110.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.599
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.844

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE)
分子量 formula_weight	30782.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.7.99.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6564

GQINVSFEFFPPRTSEMEQTLWNSIDRLSSLKPKFVSVTYGANSGERDRTHSIIKGIKDRTGLEAAPHLTCIDATPDELRTIARDYWNNGIRHIVALRGDLPPGSGKPEMYASDLVTLLKEVADFDISVAAYPEVHPEAKSAQADLLNLKRKVDAGANRAITQFFFDVESYLRFRDRCVSAGIDVEIIPGILPVSNFKQAKKFADMTNVRIPAWMAQMFDGLDDDAETRKLVGANIAMDMVKILSREGVKDFHFYTLNRAEMSYAICHTLGVRPA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1b5ta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.23 — FAD-linked oxidoreductase
家族 Family family	c.1.23.1 — Methylenetetrahydrofolate reductase

结构域编号 domain_id	d1b5tb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.23 — FAD-linked oxidoreductase
家族 Family family	c.1.23.1 — Methylenetetrahydrofolate reductase

结构域编号 domain_id	d1b5tc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.23 — FAD-linked oxidoreductase
家族 Family family	c.1.23.1 — Methylenetetrahydrofolate reductase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1b5tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	1b5tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	1b5tC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.000 Å
晶胞边长 b length_b	128.200 Å
晶胞边长 c length_c	98.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2630

fit	/app/data/saxs_computation/b5/1b5t/1b5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/1b5t/1b5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/1b5t/1b5t.dat

ESCHERICHIA COLI METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (METHYLENETETRAHYDROFOLATE REDUCTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction