G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR KINASE 2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 556–670 | 片段:C-TERMINAL EXTENDED PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN 突变:D552G, Y553S, A554H, L555M | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4.5;308 K | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1BAK | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3CIK Human GRK2 in Complex with Gbetagamma subunits 提交 2008-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.25;277 K;200 mM NaCl, 5% ethylene glycol, 6.3% PEG 3350, pH 5.25, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.269 |
| 3KRW Human GRK2 in complex with Gbetgamma subunits and balanol (soak) 提交 2009-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–689(688 aa)
|
未记录 | BA1 BALANOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K;Well contained 100 mM MES, pH 5.6, 200 mM NaCl, 9% PEG 3350. Drops were 1 uL protein, 1 uL well, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 3KRX Human GRK2 in complex with Gbetgamma subunits and balanol (co-crystal) 提交 2009-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
2–689(688 aa)
|
未记录 | BA1 BALANOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
277 K;Well contained 100 mM MES, pH 6.0, 200 mM NaCl, 9% PEG 3350. Drops were 1 uL protein, 1 uL well, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.270 |
| 3V5W Human G Protein-Coupled Receptor Kinase 2 in Complex with Soluble Gbetagamma Subunits and Paroxetine 提交 2011-12-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | 8PR Paroxetine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.8;277 K;100 mM MES pH 5.8, 200 mM NaCl, and 8% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.247 |
| 4MK0 Crystal structure of G protein-coupled receptor kinase 2 in complex with a a rationally designed paroxetine derivative 提交 2013-09-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–668(639 aa)
片段:unp residues 30-668
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 29X 5-{[(3S,4R)-4-(4-fluorophenyl)piperidin-3-yl]methoxy}-1H-isoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;277 K;6% PEG 3350, 1M NaCl, 2 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.238 |
| 4PNK G protein-coupled receptor kinase 2 in complex with GSK180736A 提交 2014-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | KZQ (4S)-4-(4-fluorophenyl)-N-(2H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;277 K;MES, PEG 3350, NaCl
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.259 |
| 5HE1 Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224062 提交 2016-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
29–670(642 aa)
片段:UNP residues 29-670
|
突变:S670A | ZS2 (4~{S})-4-[4-fluoranyl-3-(isoquinolin-1-ylmethylcarbamoyl)phenyl]-~{N}-(1~{H}-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-pyrimidine-5-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES, 0.8-1.2 M sodium chloride, 8-16% PEG3350
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.250 |
| 5UKK Human GRK2 in complex with human G-beta-gamma subunits and CCG211998 (14ak) 提交 2017-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–671(642 aa)
|
突变:S670A | MG MAGNESIUM ION × 1 8DJ 5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluoro-N-[(pyridin-2-yl)methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES, 8-16% PEG3350, 0.8-1.2 M sodium chloride
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 5UKL Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG222886 (14bd) 提交 2017-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–671(642 aa)
|
突变:S670A | MG MAGNESIUM ION × 1 SIX 2-{5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluorophenyl}-N-[2-(1H-pyrazol-4-yl)ethyl]acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES, 0.8-1.2 M sodium chloride, 8-16% PEG3350
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 5UUU Design, Synthesis, and Evaluation of the First Selective and Potent G-protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure 提交 2017-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
23–538(516 aa)
片段:UNP residues 23-538
|
未记录 | QRW 3-({[4-methyl-5-(pyridin-4-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methyl}amino)-N-[2-(trifluoromethyl)benzyl]benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;273 K;18% PEG MME 2000, 0.1 M MES pH 5.6, and 0.0175M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.257 |
| 5UVC Design, Synthesis, and Evaluation of the First Selective and Potent G-protein-Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure 提交 2017-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
23–538(516 aa)
片段:UNP residues 23-538
|
未记录 | 8PV N-benzyl-3-({[5-(pyridin-4-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]methyl}amino)benzamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.9;273 K;18% PEG MME 2000, 100mM MES pH 5.9, 17.5mM Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.260 |
| 5WG3 Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG258748 提交 2017-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | AFM 2-fluoro-5-[(3S,4R)-3-{[(1H-indazol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-N-[(1H-pyrazol-3-yl)methyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 1.1 M NaCl, 8% PEG3350
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.248 |
| 5WG4 Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG257284 提交 2017-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | AFV 2-fluoro-5-[(3S,4R)-3-{[(1H-indazol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-N-[(pyridin-2-yl)methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 6% PEG 3350, 1 M NaCl
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.279 |
| 5WG5 Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG224061 提交 2017-07-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
未记录 | ZSO 5-{[(3S,4R)-4-(4-fluorophenyl)piperidin-3-yl]methoxy}-2H-indazole × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6, 8-15% PEG3350, 0.8-1.2 M NaCl
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.232 |
| 6C2Y Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG257142 提交 2018-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
突变:S670A | EJS (4R,5R,6S)-4-[4-fluoro-3-({[3-(methoxymethyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]methyl}carbamoyl)phenyl]-N-(2H-indazol-5-yl)-6-methyl-2-oxohexahydropyrimidine-5-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6.0, 800 mM NaCl, 8% PEG 3350
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.292 |
| 6U7C Human GRK2 in complex with Gbetagamma subunits and CCG258747 提交 2019-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
|
突变:C68S | Q1Y 5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluoro-N-[(2H-indazol-3-yl)methyl]benzamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;50 mM MES pH 6.0, 1.1 M NaCl, 6% PEG 3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.262 |
| 7K7L Structure of a hit for G Protein Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure 提交 2020-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–668(639 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 W4D 3-benzyl-6-(1H-pyrazol-4-yl)quinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;2% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M NaCl
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.244 |
| 7K7Z Structure of a hit for G Protein Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure 提交 2020-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
30–668(639 aa)
|
未记录 | W4G 3-benzyl-7-(1H-pyrazol-4-yl)quinazolin-4(3H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.5;293 K;2% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M NaCl
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.262 |
| 7PWD Structure of an inhibited GRK2-G-beta and G-gamma complex 提交 2021-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–689(689 aa)
片段:NONE
|
突变:S670A | 8DS 4-chloranyl-N-[2-(4-chlorophenyl)ethyl]thieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.5;277 K;ethylene glycol, PEG 3350, MES, NaCl
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
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| UniProt名称 | ARBK1_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 5–119; UniProt 556–670 |