SAXSdb — 1baw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASTOCYANIN

Phormidium laminosum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–139 链 B； UniProt 35–139 链 C； UniProt 35–139	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–139 链 B； UniProt 35–139 链 C； UniProt 35–139	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BAW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2Q5B High resolution structure of Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-05-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M NA CACODYLATE BUFFER (PH 6), 0.2 M ZN ACETATE, 15% PEG 8000 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.210
2W88 Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - open structure 提交 2009-01-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M ZINC ACETATE, 0.4 M SODIUM ACETATE	分辨率 2.89 Å R-free 0.223
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
2W8C Plastocyanin variant with N-terminal Methionine - closed structure 提交 2009-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 35–139（105 aa）链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 6 ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8K, 0.1M ZINC ACETATE, 0.2 M SODIUM ACETATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
3BQV Crystal Structure of the double mutant D44A D45A Plastocyanin from Phormidium laminosum 提交 2007-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	突变：D44A, D45A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30% PEG 8000, 0.1 M Sodium cacodylate, 0.2 M Sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.245
3CVB Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.183
3CVB Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.183
3CVC Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.72 Å R-free 0.192
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
3CVD Regulation of Protein Function: Crystal Packing Interfaces and Conformational Dimerization 提交 2008-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.184
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270
4R0O Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 35–139（105 aa）片段：UNP residues 35-139	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 LCY 1-methylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293.15 K；48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 4.20 Å R-free 0.270

共 8 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLAS_PHOLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139 作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 35–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1baw
沉积日期 deposition_date	1998-04-19
结构标题 title	PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM
关键词 keywords	ELECTRON TRANSFER, CYANOBACTERIA, BLUE COPPER PROTEIN; ELECTRON TRANSFER
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.25 Å
零角强度 I(0) i0	21225200.00
分子量 molecular_weight	34634.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42988 Å³
包络体积 envelope_volume	51069 Å³
水化壳体积 shell_volume	21124 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.57 Å
包络 Rg envelope_rg	20.27 Å
形状 Rg shape_rg	20.27 Å
总 Rg total_rg	21.02 Å
总原子数 total_atoms	2421
残基数 n_residues	315
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.5 Å
Rg (实空间) rg_real	21.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9092
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.075
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2399000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.924

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PLASTOCYANIN
分子量 formula_weight	11431.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2460

ETFTVKMGADSGLLQFEPANVTVHPGDTVKWVNNKLPPHNILFDDKQVPGASKELADKLSHSQLMFSPGESYEITFSSDFPAGTYTYYCAPHRGAGMVGKITVEG

来源 Source

来源生物 organism	Phormidium laminosum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32059
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1bawa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d1bawb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d1bawc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1bawA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1bawB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1bawC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.570 Å
晶胞边长 b length_b	86.570 Å
晶胞边长 c length_c	91.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2580

fit	/app/data/saxs_computation/ba/1baw/1baw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ba/1baw/1baw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ba/1baw/1baw.dat

PLASTOCYANIN FROM PHORMIDIUM LAMINOSUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASTOCYANIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction