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1bc4

THE SOLUTION STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTES OF RANA CATESBEIANA (BULLFROG), NMR, 15 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 47.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBONUCLEASE

物种未注明

UniProt P11916

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–111 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3.5；305 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM PHOSPHATE BUFFER；压力 1 NMR样品组成：H2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BC4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KM8 The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) 提交 2001-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–111（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Ammonium phosphate, Tris hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1KM9 The Structure of a Cytotoxic Ribonuclease From the Oocyte of Rana Catesbeiana (Bullfrog) 提交 2001-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–111（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；PEG 4000, ammonium phosphate, NaOAc, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.96 Å R-free 0.216
1M07 RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM BULLFROG (RANA CATESBEIANA) 提交 2002-06-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–111（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 24 % PEG 8000, 0.05 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228
1M07 RESIDUES INVOLVED IN THE CATALYSIS AND BASE SPECIFICITY OF CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM BULLFROG (RANA CATESBEIANA) 提交 2002-06-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–111（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 24 % PEG 8000, 0.05 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.228

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNASO_RANCA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–111； UniProt 2–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bc4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bc4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bc4
沉积日期 deposition_date1998-05-05
结构标题 titleTHE SOLUTION STRUCTURE OF A CYTOTOXIC RIBONUCLEASE FROM THE OOCYTES OF RANA CATESBEIANA (BULLFROG), NMR, 15 STRUCTURES
关键词 keywordsHYDROLASE, PHOSPHORIC DIESTER, RC-RNASE, CYTOTOXIC PROTEIN, SIALIC ACID BINDING LECTIN; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.50 Å
零角强度 I(0) i0517917000.00
分子量 molecular_weight186820.0 kDa
排除体积 excluded_volume231850 ų
包络体积 envelope_volume27399 ų
水化壳体积 shell_volume14634 ų
包络直径 envelope_diameter54.8 Å
壳层 Rg shell_rg21.71 Å
包络 Rg envelope_rg16.24 Å
形状 Rg shape_rg14.46 Å
总 Rg total_rg14.82 Å
总原子数 total_atoms25935
残基数 n_residues1650
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.4 Å
Rg (实空间) rg_real14.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real5.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal517900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8250
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary15.6 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.458
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha304300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bc4a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamilyd.5.1 — RNase A-like
家族 Family familyd.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bc4A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease A-like domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)