SAXSdb — 1bcg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOXIN BJXTR-IT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–94	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BCG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4KYP Beta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli 提交 2013-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–94（76 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, Bis-Tris, 29% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
4KYP Beta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli 提交 2013-05-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–94（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, Bis-Tris, 29% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
4KYP Beta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli 提交 2013-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–94（76 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, Bis-Tris, 29% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229
4KYP Beta-Scorpion Toxin folded in the periplasm of E.coli 提交 2013-05-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–94（76 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2M NaCl, Bis-Tris, 29% PEG 3350 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.229

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIXE_BUTJU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–77； UniProt 19–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bcg
沉积日期 deposition_date	1998-04-29
结构标题 title	SCORPION TOXIN BJXTR-IT
关键词 keywords	EXCITATORY NEUROTOXIN; EXCITATORY NEUROTOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.35 Å
零角强度 I(0) i0	1552270.00
分子量 molecular_weight	8014.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9873 Å³
包络体积 envelope_volume	11128 Å³
水化壳体积 shell_volume	8537 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.1 Å
壳层 Rg shell_rg	16.80 Å
包络 Rg envelope_rg	11.81 Å
形状 Rg shape_rg	11.36 Å
总 Rg total_rg	12.74 Å
总原子数 total_atoms	557
残基数 n_residues	72
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5520e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5540e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1552000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	229400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1bcga_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.1 — Long-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bcgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.828 Å
晶胞边长 b length_b	40.828 Å
晶胞边长 c length_c	191.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2560

描述 description	TOXIN BJXTR-IT
分子量 formula_weight	8597.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	663

SCORPION TOXIN BJXTR-IT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TOXIN BJXTR-IT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

fit	/app/data/saxs_computation/bc/1bcg/1bcg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bc/1bcg/1bcg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bc/1bcg/1bcg.dat