SAXSdb — 1bd3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

Toxoplasma gondii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–244 链 B； UniProt 2–244 链 C； UniProt 2–244 链 D； UniProt 2–244	突变：C128V	PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.93 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BD4 UPRT-URACIL COMPLEX 提交 1998-05-12	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–244（243 aa）链 B 2–244（243 aa）链 C 2–244（243 aa）链 D 2–244（243 aa）	突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V	PO4 PHOSPHATE ION × 8 URA URACIL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1JLR STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE GTP COMPLEX 2 MUTANT C128V 提交 2001-07-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–244（243 aa）链 B 2–244（243 aa）链 C 2–244（243 aa）链 D 2–244（243 aa）	突变：C1128V 突变：C1128V 突变：C1128V 突变：C1128V	PO4 PHOSPHATE ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；278 K；Citrate buffer, NaCl, Ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.45 Å R-free 0.242
1JLS STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE URACIL/CPR 2 MUTANT C128V 提交 2001-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–244（243 aa）链 B 2–244（243 aa）链 C 2–244（243 aa）链 D 2–244（243 aa）	突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V	PO4 PHOSPHATE ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 URA URACIL × 4 PRP 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；NaCl, citrate/phosphate buffer, PEG 3400, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1UPF STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE, MUTANT C128V BOUND TO THE DRUG 5-FLUOROURACIL 提交 1998-06-17	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–244（224 aa）链 B 21–244（224 aa）链 C 21–244（224 aa）链 D 21–244（224 aa）	突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V	SO4 SULFATE ION × 12 URF 5-FLUOROURACIL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1UPU STRUCTURE OF THE URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE, MUTANT C128V, BOUND TO PRODUCT URIDINE-1-MONOPHOSPHATE (UMP) 提交 1998-04-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–244（224 aa）链 B 21–244（224 aa）链 C 21–244（224 aa）链 D 21–244（224 aa）	突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V 突变：C128V	PO4 PHOSPHATE ION × 4 U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UPP_TOXGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244 作者链 B； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244 作者链 C； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244 作者链 D； PDB构建体 1–243； UniProt 2–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bd3
沉积日期 deposition_date	1998-05-12
结构标题 title	STRUCTURE OF THE APO URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE, 2 MUTANT C128V
关键词 keywords	TRANSFERASE, GLYCOSYLTRANSFERASE, UPRTASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.35 Å
零角强度 I(0) i0	161397000.00
分子量 molecular_weight	102810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	130010 Å³
包络体积 envelope_volume	157720 Å³
水化壳体积 shell_volume	44201 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.43 Å
包络 Rg envelope_rg	28.55 Å
形状 Rg shape_rg	28.35 Å
总 Rg total_rg	29.22 Å
总原子数 total_atoms	7192
残基数 n_residues	896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	161400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8406
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	37.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.175
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.311
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	58290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.647; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	27558.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.9
突变 mutation	C128V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C,B,A
原子数 atom_count	7604

AQVPASGKLLVDPRYSTNDQEESILQDIITRFPNVVLMKQTAQLRAMMTIIRDKETPKEEFVFYADRLIRLLIEEALNELPFQKKEVTTPLDVSYHGVSFYSKICGVSIVRAGESMESGLRAVCRGVRIGKILIQRDETTAEPKLIYEKLPADIRERWVMLLDPMCATAGSVCKAIEVLLRLGVKEERIIFVNILAAPQGIERVFKEYPKVRMVTAAVDICLNSRYYIVPGIGDFGDRYFGTM

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5811
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	412

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1bd3a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1bd3b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1bd3c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

结构域编号 domain_id	d1bd3d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.1 — Phosphoribosyltransferases (PRTases)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bd3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1bd3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1bd3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	1bd3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.600 Å
晶胞边长 b length_b	141.690 Å
晶胞边长 c length_c	71.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.13 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bd/1bd3/1bd3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/1bd3/1bd3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/1bd3/1bd3.dat

STRUCTURE OF THE APO URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE, 2 MUTANT C128V

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction