SAXSdb — 1bdx

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

Escherichia coli BL21(DE3)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–203 链 B； UniProt 1–203 链 C； UniProt 1–203 链 D； UniProt 1–203	未记录	;DNA (5'-D(PGPCPAPTPGPCPAPTPAPTPGPCPAPTPGPC)-3') ; × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 6.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BDX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C7Y E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX 提交 2000-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：36-meric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate, sodium chloride, glycerol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
1CUK ESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE 提交 1996-08-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1D8L E. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING DOMAIN III 提交 1999-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION 链 B 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.50 Å R-free 0.320
1HJP HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI 提交 1997-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；50MM CITRATE PH4.9 500MM NACL 10% GLYCEROL 3% PEG2000	分辨率 2.50 Å R-free 0.294

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 C； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203 作者链 D； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bdx
沉积日期 deposition_date	1998-05-11
结构标题 title	E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY
关键词 keywords	DNA-BINDING, BRANCH MIGRATION, HOLLIDAY JUNCTION, RUV, COMPLEX DNA-BINDING PROTEIN-DNA, TRANSFERASE-DNA COMPLEX; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.40 Å
零角强度 I(0) i0	121196000.00
分子量 molecular_weight	85549.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104190 Å³
包络体积 envelope_volume	104850 Å³
水化壳体积 shell_volume	31820 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.85 Å
包络 Rg envelope_rg	27.24 Å
形状 Rg shape_rg	29.61 Å
总 Rg total_rg	29.81 Å
总原子数 total_atoms	64
残基数 n_residues	64
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	30.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9137
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.605
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.974

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPAPTPGPCPAPTPAPTPGPCPAPTPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4898.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,K,L,M
原子数 atom_count	824

GCATGCATATGCATGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
分子量 formula_weight	22111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MIGRLRGIIIEKQPPLVLIEVGGVGYEVHMPMTCFYELPEAGQEAIVFTHFVVREDAQLLYGFNNKQERTLFKELIKTNGVGPKLALAILSGMSAQQFVNAVEREEVGALVKLPGIGKKTAERLIVEMKDRFKGLHGDLFTPAADLVLTSPASPATDDAEQEAVAALVALGYKPQEASRMVSKIARPDASSETLIREALRAAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1bdxa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1bdxa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1bdxb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1bdxc3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1bdxd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1bdxd3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	148.000 Å
晶胞边长 b length_b	148.000 Å
晶胞边长 c length_c	105.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	123.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bd/1bdx/1bdx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/1bdx/1bdx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/1bdx/1bdx.dat

E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)