SAXSdb — 1bez

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HALOALKANE DEHALOGENASE

Xanthobacter autotrophicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–310	突变：I2V, W175Y	ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50% AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES, PH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BEZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B6G HALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 5.0 CONTAINING CHLORIDE 提交 1999-01-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.0	分辨率 1.15 Å R-free 0.145
1BE0 HALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 5.0 CONTAINING ACETIC ACID 提交 1998-05-18	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	突变：I2V	ACT ACETATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50% AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES, PH 5.6	分辨率 1.96 Å R-free 0.220
1BEE HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR 提交 1998-05-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	突变：I2V, W175Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50% AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES, PH 5.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.253
1CIJ HALOALKANE DEHALOGENASE SOAKED WITH HIGH CONCENTRATION OF BROMIDE 提交 1999-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	突变：I2V	BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；50 % AMMONIUM SULFATE 100 MM MES BUFFER, PH 5.9 , pH 5.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.272
1EDB CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.01 Å
1EDD CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.19 Å
1EDE REFINED X-RAY STRUCTURES OF HALOALKANE DEHALOGENASE AT PH 6.2 AND PH 8.2 AND IMPLICATIONS FOR THE REACTION MECHANISM 提交 1993-05-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1HDE HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH PHE 172 REPLACED WITH TRP 提交 1996-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	突变：F172W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
1HDE HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH PHE 172 REPLACED WITH TRP 提交 1996-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–310（310 aa）	突变：F172W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
2DHC CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKANE DEHALOGENASE 提交 1993-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	DCE 1,2-DICHLOROETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2DHD CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKANE DEHALOGENASE 提交 1993-09-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.13 Å
2DHE CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE CATALYTIC MECHANISM OF HALOALKANE DEHALOGENASE 提交 1993-06-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.13 Å
2EDA CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-08-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.19 Å
2EDC CRYSTALLOGRAPHIC AND FLUORESCENCE STUDIES OF THE INTERACTION OF HALOALKANE DEHALOGENASE WITH HALIDE IONS: STUDIES WITH HALIDE COMPOUNDS REVEAL A HALIDE BINDING SITE IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2HAD CRYSTAL STRUCTURE OF HALOALKANE DEHALOGENASE: AN ENZYME TO DETOXIFY HALOGENATED ALKANES 提交 1992-08-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–310（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
2PKY The Effect of Deuteration on Protein Structure A High Resolution Comparison of Hydrogenous and Perdeuterated Haloalkane Dehalogenase 提交 2007-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–310（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2.6M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
2YXP The Effect of Deuteration on Protein Structure A High Resolution Comparison of Hydrogenous and Perdeuterated Haloalkane Dehalogenase 提交 2007-04-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–310（310 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M MES,, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.53 Å R-free 0.185

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHLA_XANAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–310； UniProt 1–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bez
沉积日期 deposition_date	1998-05-18
结构标题 title	HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR AT PH 5
关键词 keywords	DEHALOGENASE, ALPHA/BETA-HYDROLASE; DEHALOGENASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.81 Å
零角强度 I(0) i0	20654500.00
分子量 molecular_weight	35210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44141 Å³
包络体积 envelope_volume	48152 Å³
水化壳体积 shell_volume	21546 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.3 Å
壳层 Rg shell_rg	25.17 Å
包络 Rg envelope_rg	18.11 Å
形状 Rg shape_rg	17.80 Å
总 Rg total_rg	18.85 Å
总原子数 total_atoms	2484
残基数 n_residues	310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9045
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.015
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8212000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HALOALKANE DEHALOGENASE
分子量 formula_weight	35138.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.5
突变 mutation	I2V, W175Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2763

MVNAIRTPDQRFSNLDQYPFSPNYLDDLPGYPGLRAHYLDEGNSDAEDVFLCLHGEPTWSYLYRKMIPVFAESGARVIAPDFFGFGKSDKPVDEEDYTFEFHRNFLLALIERLDLRNITLVVQDWGGFLGLTLPMADPSRFKRLIIMNACLMTDPVTQPAFSAFVTQPADGFTAYKYDLVTPSDLRLDQFMKRWAPTLTEAEASAYAAPFPDTSYQAGVRKFPKMVAQRDQACIDISTEAISFWQNDWNGQTFMAIGMKDKLLGPDVMYPMKALINGCPEPLEIADAGHFVQEFGEQVAREALKHFAETE

来源 Source

来源生物 organism	Xanthobacter autotrophicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	279

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1beza_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bezA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	93.030 Å
晶胞边长 b length_b	72.300 Å
晶胞边长 c length_c	40.960 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/be/1bez/1bez.fit
pddf	/app/data/pr_computation/be/1bez/1bez.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/be/1bez/1bez.dat

HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR AT PH 5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HALOALKANE DEHALOGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction