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1bhd

SECOND CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN FROM UTROPHIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UTROPHIN

Homo sapiens

UniProt P46939

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 144–261 片段：2ND CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN FROM ACTIN BINDING REGION 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.6；pH 7.6 分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 144–261 片段：2ND CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN FROM ACTIN BINDING REGION 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.6；pH 7.6 分辨率 2.00 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BHD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1QAG Actin binding region of the dystrophin homologue utrophin 提交 1999-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 31–256（226 aa） 片段：RESIDUES 28-261
突变：SELENOMETHIONINE REPLACES METHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.7, 2.0 M unbuffered sodium formate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
1QAG Actin binding region of the dystrophin homologue utrophin 提交 1999-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 31–256（226 aa） 片段：RESIDUES 28-261
突变：SELENOMETHIONINE REPLACES METHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.7, 2.0 M unbuffered sodium formate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
1QAG Actin binding region of the dystrophin homologue utrophin 提交 1999-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–256（226 aa） 片段：RESIDUES 28-261
链 B 31–256（226 aa） 片段：RESIDUES 28-261
突变：SELENOMETHIONINE REPLACES METHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：SELENOMETHIONINE REPLACES METHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Sodium Acetate pH 4.7, 2.0 M unbuffered sodium formate., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
6M5G F-actin-Utrophin complex 提交 2020-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa） 片段：calponin domain 1, calponin domain 2
链 G 1–261（261 aa） 片段：calponin domain 1, calponin domain 2
链 H 1–261（261 aa） 片段：calponin domain 1, calponin domain 2
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds
分辨率 3.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UTRO_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 144–261 作者链 B； PDB构建体 1–118； UniProt 144–261

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bhd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bhd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bhd
沉积日期 deposition_date1998-06-05
结构标题 titleSECOND CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN FROM UTROPHIN
关键词 keywordsCALPONIN HOMOLOGY, ACTIN BINDING, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.19 Å
零角强度 I(0) i09342850.00
分子量 molecular_weight25045.0 kDa
排除体积 excluded_volume31942 ų
包络体积 envelope_volume43691 ų
水化壳体积 shell_volume12431 ų
包络直径 envelope_diameter89.5 Å
壳层 Rg shell_rg36.61 Å
包络 Rg envelope_rg28.04 Å
形状 Rg shape_rg29.19 Å
总 Rg total_rg30.07 Å
总原子数 total_atoms1771
残基数 n_residues216
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.8 Å
Rg (实空间) rg_real29.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real9.3430e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9342000.0000
解质量估计 total_estimate0.6208
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.6 Å
偏度 Skewness skewness0.197
峰度 Kurtosis kurtosis-1.348
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5343000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.017; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.118; Smooth: 0.900
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bhda_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.40 — CH domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.40.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
家族 Family familya.40.1.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
结构域编号 domain_idd1bhdb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.40 — CH domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.40.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
家族 Family familya.40.1.1 — Calponin-homology domain, CH-domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bhdA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id1bhdB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)