SAXSdb — 1bik

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIKUNIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 206–352	片段：DOMAIN II,78 - 133	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QKG Crystal structure of alpha-1-microglobulin at 2.3 A resolution 提交 2011-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–202（183 aa）片段：lipocalin	突变：C34S	NI NICKEL (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM Tris-HCl, 1.1 M sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
4ES7 crystal structure of protein HC from Homo sapiens at 2 angstrom 提交 2012-04-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–193（167 aa）片段：UNP residues 27-193	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 6.9, 40% 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-z-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 283–340（58 aa）片段：BPTI/Kunitz inhibitor 2 residues 285-338	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Z 283–340（58 aa）片段：BPTI/Kunitz inhibitor 2 residues 285-338	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 W 283–340（58 aa）片段：BPTI/Kunitz inhibitor 2 residues 285-338	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4U30 Human mesotrypsin complexed with bikunin Kunitz domain 2 提交 2014-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 283–340（58 aa）片段：BPTI/Kunitz inhibitor 2 residues 285-338	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 1 M sodium citrate	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6EJ7 Human Xylosyltransferase 1 in complex with UDP-xylose and peptide QEEEGAGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）	突变：S215A, L220G, V221G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus precipitant mix 2 (PEG8000 and ethylene glycol), 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1 M of Morpheus NPS mix.	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
6EJ8 Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）	突变：L220G, V221G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.09 Å R-free 0.223
6EJ9 Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEPEGSGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–220（11 aa）	突变：E212P, L220G, V221G	PO4 PHOSPHATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.02 Å R-free 0.225
6EJA Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEYSGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）片段：UNP residues 210-221	突变：G214Y, L220G, V221G	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6EJB Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSAGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）	突变：G216A, L220G, V221G	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.56 Å R-free 0.280
6EJC Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGVGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）片段：UNP residues 210-221	突变：G217V, L220G, V221G	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.06 Å R-free 0.273
6EJD Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGGPQGG 提交 2017-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 210–221（12 aa）片段：UNP residues 210-221	突变：G218P, L220G, V221G	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.68 Å R-free 0.279

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–147； UniProt 206–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bik
沉积日期 deposition_date	1997-11-26
结构标题 title	X-RAY STRUCTURE OF BIKUNIN FROM THE HUMAN INTER-ALPHA-INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywords	;GLYCOPROTEIN, BIKUNIN, TRYPSTATIN, URINARY TRYPSIN INHIBITOR, URONIC-ACID-RICH PROTEIN, SERINE PROTEASE INHIBITOR (KUNITZ TYPE), GLYCOSYLATED PROTEIN ;; GLYCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.74 Å
零角强度 I(0) i0	3536830.00
分子量 molecular_weight	12326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14945 Å³
包络体积 envelope_volume	16893 Å³
水化壳体积 shell_volume	10491 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.0 Å
壳层 Rg shell_rg	19.41 Å
包络 Rg envelope_rg	15.12 Å
形状 Rg shape_rg	14.61 Å
总 Rg total_rg	15.96 Å
总原子数 total_atoms	851
残基数 n_residues	110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3537000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8122
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.513
峰度 Kurtosis kurtosis	0.012
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	902000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.632; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.676; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BIKUNIN
分子量 formula_weight	15987.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	884

AVLPQEEEGSGGGQLVTEVTKKEDSCQLGYSAGPCMGMTSRYFYNGTSMACETFQYGGCMGNGNNFVTEKECLQTCRTVAACNLPIVRGPCRAFIQLWAFDAVKGKCVLFPYGGCQGNGNKFYSEKECREYCGVPGDGDEELLRFSN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bika1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

结构域编号 domain_id	d1bika2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1bikA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.300 Å
晶胞边长 b length_b	55.300 Å
晶胞边长 c length_c	146.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/bi/1bik/1bik.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bi/1bik/1bik.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bi/1bik/1bik.dat

X-RAY STRUCTURE OF BIKUNIN FROM THE HUMAN INTER-ALPHA-INHIBITOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BIKUNIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction